那么，中国侦查程序在整体构造上的缺陷究竟有哪些呢？在笔者看来，这种缺陷首先表现为缺少一个中立的裁判者，使得由中立司法机构主持的司法审查和授权机制并不存在。我们可以看到，无论是拘留、逮捕、搜查、扣押的实施，还是对犯罪嫌疑人长时间的羁押，都是由侦查机构自己或者检察机关通过秘密审查来发布许可令状的，而没有类似法院这样一个中立的司法授权机构，也不经过专门的授权程序。即使犯罪嫌疑人及其律师要求将羁押措施变更为取保候审，也无法向与不承担侦查和公诉职责的司法机构提出申请。这样，那种由司法机构主持进行的所谓“程序性审查”活动在中国侦查程序中就不可能存在；那种由控辩双方同时参与的听审活动在侦查程序中也无从进行。一句话，中国的侦查程序不具有“诉讼”的形态，而完全属于一种超职权主义的、行政化的单方面追诉活动。在这里，无论是专门性调查活动，还是有关限制公民基本自由和权益的强制性措施，都是由侦查机构或公诉机构自行决定，而不是由中立司法机构进行授权。这种制度设计背离了包括“控诉与裁判职能分离”、“司法最终裁决”等一系列现代法治的基本原则，也会经常带来诸如羁押、搜查、扣押、窃听、冻结等方面权力的滥用。因此，司法实践中出现较多的非法羁押、超期羁押、非法搜查、任意扣押等现象，主要导源于中国实行的这种由追诉机构兼负司法审查职能的侦查构造。
中国侦查程序在构造上的另一个缺陷是，犯罪嫌疑人承担着被迫自证其罪的义务，辩方律师所能提供的帮助极为有限，嫌疑人的诉讼主体地位受到极大的削弱，甚至沦为诉讼的客体。在西方各国，嫌疑人和被告人的沉默权在19世纪后期就在法律上得到普遍的确立，刑讯逼供也在法律上得到有效禁止。而中国
刑事诉讼法就有关“如实陈述”所作的规定，使得犯罪嫌疑人不得不承担着被迫供述自己罪行（也就是自证其罪）的义务，他也因此失去了进行自愿陈述的自由。这里存在着一个几乎无法回避的问题：既然允许犯罪嫌疑人行使辩护权，那么辩护就有积极的辩护和消极的辩护两种基本形态；既然犯罪嫌疑人都有权提出积极的主张和证据，那么为什么他就不能从辩护的意图出发，向侦查机构保持沉默呢？事实上，犯罪嫌疑人一旦担负这种“如实陈述”的义务，就丧失了基本自主权和自由选择权，也就被剥夺了部分辩护权。犯罪嫌疑人所担负的这种义务，加上绝大多数犯罪嫌疑人都被长时间地羁押在公安机关的看守场所，而侦查人员的讯问所采用的又是秘密和封闭的方式，辩方律师从不允许到场，一次讯问持续的时间和两次讯问间隔的时间都完全取决于侦查人员的需要和方便。这些因素综合起来，导致犯罪嫌疑人在侦查阶段处于极为不利的境地。它们一般都失去实施有效防御的能力，而成为被动承受侦查人员追诉、消极等待侦查机构处理的一方。同时值得注意的是，中国侦查程序所具有的超职权主义和行政化的特征，侦查所呈现出的追诉者与被追诉者构成的单方面的诉讼关系，以及中立司法机构的缺失和“诉讼”形态的缺乏，也使得犯罪嫌疑人的诉讼主体地位受到较大的威胁。可以说，在犯罪嫌疑人诉讼主体地位得不到保证的情况下，包括刑讯逼供在内的非法取证现象的盛行就不足为怪了。
中国侦查程序在构造上存在的第三个缺陷是，为犯罪嫌疑人提供法律帮助的律师，对侦查活动的参与范围极为有限，对侦查机构权力的制约极其微弱，导致侦查几乎完全变成侦查机构针对犯罪嫌疑人的单方面追诉活动。辩方律师除了与在押犯罪嫌疑人进行受到限制的会见和进行申诉、控告、申请活动以外，不能进行任何有效的防御活动，不能在侦查人员讯问时到场，不能阅卷，不能进行调查，也不能向中立司法机构提出任何有效的申请。可以说，辩方律师尽管能够为侦查阶段的嫌疑人提供一些帮助，但他的有限参与不足以改变侦查程序的基本格局：侦查依然采用的是秘密、单方面、封闭的方式，侦查活动几乎完全由侦查机构以职权自行主动进行，辩护方几乎不能对这种活动的进程实施任何有效的制约。
中国侦查程序的最后一个缺陷是，本来应当由不负有侦查职责的司法机构实施的司法审查活动，却由侦查机构负责人或者检察机关进行授权和审查，这种所谓的“内部制约”和“法律监督”，对于保证侦查活动的合法性不具有积极有效的作用。因为侦查机构负责人无论是公安局局长还是检察院检察长，都属于侦查活动的领导者和指挥者，与案件侦查活动及其结果存在着直接利害关系。而且作为侦查机构，公安机关和检察机关往往是作为一个整体开展侦查活动的。在这种情况下，由侦查机构负责人实施的任何审查、授权和控制，都根本不足以发挥有效的积极作用。另一方面，检察机关尽管名义上属于国家的“法律监督机关”，却事实上担负着审查起诉和提起公诉的职责，它们本质上也属于国家的追诉犯罪机构，在诉讼目标和诉讼角色方面与侦查机构是一致的。尽管法律要求检察机关要尊重事实真相，并同时注意收集不利和有利于犯罪嫌疑人的证据，但刑事侦查的一个基本情况表明，检察机关无论作为侦查机构还是作为公诉机关，往往更加重视对嫌疑人不利的证据和事实，即使进行法律监督，也经常是从如何有效进行追诉的角度进行法律监督，而极少从有助于嫌疑人辩护的角度开展所谓的“法律监督”。法律在不提高嫌疑人地位、不设立中立裁判者的情况下片面强调检察机关的“法律监督”地位，必然导致追诉力量的过于庞大和辩护力量的继续萎缩，同时也无助于对侦查活动的司法控制。司法实践中屡禁不止的刑讯逼供、非法羁押、超期羁押、非法搜查、任意扣押和窃听等现象，无一不是在侦查机构负责人授权或同意下出现的，也无一不是在检察机关“法律监督”下发生的。这显然表明，只靠侦查机构负责人实施的内部制约或者检察机关进行的法律监督，侦查活动将很难受到有效的司法控制；没有中立司法机构的介入，没有嫌疑人诉讼主体地位的确立和辩方律师参与范围的扩大，中国的侦查将很难有效地被纳入“诉讼”的轨道。
