2改革农民集体组织形式
前文已经论及，不少学者认为现行法律法规中所提到的“农民集体”和“集体经济组织”是两个不同的概念，前者为享有集体范围内土地所有权的唯一组织，后者为不特定的经济实体，只对属于本经济组织的财产享有权。二者的混淆是造成集体土地所有权不清的关键所在。改革农民集体组织(集体土地所有权主体)，可以着重从两个方面进行：(1)在修改《
民法通则》或制定民法典时，统一规定“农民集体组织”为集体土地所有权的主体，具有法人资格。在此顺便说明一下，对集体土地进行经营、管理的“集体经济组织”、村民委员会或村民小组，是否具有法人资格，现有法律未予明确。按常理，村民委员会和村民小组均为群众自治组织，不具有法人资格。而不论何种性质的经济组织是否具有法人资格，则不宜由法律来规定，应通过工商登记来认定。建议制定《农民集体组织规则(或章程)》(其名称可以是××经济(或资产)管理委员会，或者其他适合的名称)，规定农民集体组织的性质、组成、职责、权限以及行使权利的原则、程序等。使集体土地所有权主体明晰，行使权利有现实的组织形式和规范的运作程序。(2)将目前的乡(镇)、村和村内的三种农民集体所有改为一种，即村农民集体所有或曰村民委员会范围内的全体农民共同共有。理由有三：其一是“三级所有”的体制早已过时，乡(镇)和村内的农民集体所有大多数都已名存实亡；其二是村农民集体所有规模比较适合当前农村的生产力水平和组织管理水平，村党支部和村民委员会又可对其进行指导、监督；其三是当前不少地方对《
土地管理法》第
10条中规定的三种农民集体所有已经作了选择性的理解，且在确权发证时将所有权证发给了村民委员会，尤其是在地少人多经济比较发达的东南沿海地区，有的省已作出规定，集体土地统一归村农民集体所有。另外，自90年代初以来，理论界对集体土地归村农民集体所有，已基本形成了共识。实行土地村农民集体所有，因不涉及土地制度的改变，不会引起社会振荡，又可以使原来所有权主体缺位的乡(镇)和村内农民集体土地所有权主体清晰。
3强化农用土地使用权
按照用途之别，《
土地管理法》将土地分为农用地、建设用地和未利用地。农民集体所有的土地绝大部分属于农用地。集体农用地由农户长期承包经营后，农户的承包经营权能否得到切实保障，不仅关系到农户的切身利益，也影响到集体土地所有权的完善。对承包经营权的性质历来有两种不同的看法，一种认为是债权，另一种认为是物权。现在，尽管这两种认识的分歧依然存在，但都认识到债权性质的承包经营权，不利于维护农民的生产积极性，不利于使用权的市场流转，不利于使用权制度的稳定。强化农用地使用权(承包经营权)是维护集体土地所有权的有效措施之一，而强化的途径是将承包经营权物权化。当前，承包经营权物权化的条件基本成熟：一是确立市场经济体制和保证农业持续发展的需要；二是承包经营制度内部变化(承包人投资增加，发包人投资减少，承包人与发包人的关系逐步简化为土地使用权关系)的推动；三是改革的政策基础已经坚实，如中央规定“增人不增地，减人不减地”，二轮承包期为30年，对“四荒”地的承包、使用期还可更长，并且给承包人发承包权证书。中央“
关于农业和农村工作若干重大问题的决定”指出，实行土地集体所有、家庭承包经营是“使用权同所有权分离”，强调要抓紧制定确保农村土地承包关系长期稳定的法律法规，“赋予农民长期而有保障的土地使用权。”当前在我国农村出现的“承租反包”和“股田制”，是对使用权制度不完善的一种补充。由此可见，集体土地承包经营权(使用权)物权化势在必行。当然，承包经营权物权化还存在一些有待进一步研究的问题，例如，将承包经营权简化为使用权，或者说把使用权从承包经营权中析出来，会不会削弱或者取消承包经营权对集体成员的社会保障功能?又如，承包经营权的权源有两个，一个来自集体土地所有权，另一个来自由集体使用的国有土地的使用权，对于后者如何物权化也是一个难题。
