得出这样的结论，即立法者有意将搜查令状的审批权留给侦查机关，因为从法条结构上看，立法
者是将搜查作为一种侦查行为规定在《
刑事诉讼法》第二篇第二章《侦查》中。第二、确定搜查令状的审批权限归属于县级以上公安机关负责人行使的既不是《
刑事诉讼法》，更不是《
宪法》，而只是公安部以部长令的形式发布的《
公安机关办理刑事案件程序规定》，即只是一部门规章而已。公安部只是国家一级行政机关，其并不享有司法解释权，其对《
刑事诉讼法》只有执行的义务，而无解释的权力。因此公安部之《
公安机关办理刑事案件程序规定》并不对外具有法律上的约束力，以一规章来确定搜查令状的审批权限之归属，只能说明一个问题，即在我国主流的刑事诉讼价值理念中公共安全和个人自由之间的失衡，侦查效率和程序正当之间的失衡。
近年来，理论界在论及刑事强制措施之时，从程序正当、价值衡平、武器平等诸多角度论述了在刑事诉讼中对犯罪嫌疑人人身自由进行限制和剥夺的审批权应归属于法官而非刑事诉讼的追诉方——检察官或警察机关。这些理由同样适合于对搜查令状的审批权限之行使，因为搜查是一种对人和物的双重强制，搜查存在着对公民个人财产权、隐私权的重大威胁。更重要的是，如果说逮捕、刑事拘留等人身强制措施仅适用于犯罪嫌疑人或被告人而使其正当程序被人们忽视的话，那么，搜查有时所针对的却是与犯罪或犯罪人之间没有任何关系的“第三者”，我们有理由认为，这些“第三者”的合法权益应当得到保障，他们应当受到一种正当程序的对待，而如果将搜查审批权限归属于承担着犯罪控制任务的警察机关来行使，搜查最后的使命就将是、也必然是一种侦查手段而已，而被搜查对象的一切权益都将是这种制度的牺牲品。②
②在台湾，鉴于陆续发生多起检警机关搜查不当或违法事件，使检察官在侦查中拥有搜查审批权之妥当性引起广泛注意，继1997年修正
刑事诉讼法将羁押权回归法院行使之后，2001年再度修正
刑事诉讼法将搜查审批权收归法院行使，在修正过程中，也存在着种种的争论，反对将搜查审批权收归法院行使者的理由主要就是侦查效率、犯罪控制等，而主张将搜查审批权收归法院行使者则站在正当程序的角度，从诉讼构造、武器对等、个人权益与公共利益之平衡等方面论述其必要性。参见徐正大《2001年搜索法修正之研讨》http://www.license.com.tw/lawyer/index.htm
