对于刑事管辖权异议的申请理由，大陆法系国家主要规定了以下三种情况：（1）审判法院对案件根本就无管辖权的。例如，轻罪法院受理了本应当由重罪法院管辖的案件，军事法院审理了非军人犯罪的案件等，在这些案件中，审判法院对案件根本就无管辖权，在此情况下，被告人当然有权提出管辖权异议。（2）管辖法院因法律上的理由、事实上的障碍或者特殊情形而不能行使裁判权的。例如因为法律上的原因而使该法院之唯一法官无法审理该案件的，或者说该法院全体审判人员应当回避的，或者一个法院的法官都长期生病的等情况。对此，日本《
刑事诉讼法第》第
17条、德国《
刑事诉讼法》第
16条和台湾“
刑事诉讼法”第
10条等都加以了规定。（3）由于地方的民心、诉讼的状况及其他情形，有可能不能维持公平审判和影响公共安全的。对此，德国、日本和台湾的“
刑事诉讼法”都有明确规定。[2]
对于刑事诉讼管辖权异议的申请程序，一般包括：（1）法院的职权审查。即当被告人等当事人没有向法院提出管辖权异议，法院也应依照职权主动对案件进行审查，以确定自身对案件是否拥有管辖权。按照法国学者的解释，受诉法院在没有任何人提出无管辖权抗辩的情况下，也可以依职权宣告其无管辖权，因为任何法院都有权审查其是否对案件有管辖权，并且在必要时可以拒绝对案件进行审判。[3] （2）提出申请。当事人申请刑事诉讼管辖权异议，一般应当采取书面形式，向法院提交申请书，对此日本最高法院《刑事诉讼规则》规定：“请求指定管辖或者转移管辖，应当向管辖法院提出附理由的请求书。”被告人应当通过案件系属的法院提出转移管辖的请求书，法院在收到请求书时，应当迅速通知与该法院相对应的检察厅的检察官；检察官对系属法院的案件，请求转移移送管辖时，应当迅速将请求书副本交被告人，被告人可以自收到请求书副本之日起3日内，向管辖法院提出意见书。台湾“
刑事诉讼法”第
11条也规定：“指定或转移管辖由当事人声请者，应以书状叙述理由向该法院为之。” （3）申请的效力。当事人提出管辖权异议的申请之后，一般说来，法院应当暂时停止诉讼程序。例如，日本最高法院《刑事诉讼规则》规定：“系属法院的案件已有指定或者转移管辖的请求时，在作出裁定之前，应当停止诉讼程序。但情况紧急时，不在此限”。同时，法国也规定，“刑事审判庭可以在指定管辖之前，责令将检察院的要求通知当事人。在此情况下，诉讼的证据及文件应在它规定的期限内，连同利害关系人的意见，转移给刑事审判庭；与此同时，诉讼进程暂停。”
对于法院的裁决程序，俄罗斯《联邦刑事诉讼法典》第35条规定，对于涉及法庭全体成员回避，而变更刑事案件地域管辖的，应由上级法院院长或副院长通过庭前听证程序解决，对此应做出裁决。日本最高法院《刑事诉讼规则》第8条也规定：对于被告人和检察官请求移送管辖的案件，法院应当在听取对方当事人或者其辩护人的意见后作出裁定；法院依职权作出移送裁定时，应当听取检察官和被告人或者辩护人的意见。这些都体现了听证程序的特征。
在法院对管辖权异议的裁决结果上，主要有以下几种：（1）驳回无管辖权的抗辩。法院认为当事人管辖权异议请求不成立的，应当予以驳回。对此，法国采取“中间判决”的方式。[1]（2）裁定移送至有管辖权的法院。对此，日本《
刑事诉讼法》第
19条规定，“法院认为适当时，可以依据检察官或被告人的请求，或者依职权，以裁定将属于自己管辖的案件移送级别管辖相同的其他管辖法院”。德国《
刑事诉讼法》也规定：在开始审判之前，“如果法院认为更高级别法院对案件有管辖权的时候，可以通过检察院将案卷提交更高级别法院。收到案卷的法院，以裁定决定是否接受案件”，如果法院认为被告人对特别刑事庭管辖权的异议正当，则应裁定将案件移送有优先权的特别刑事法庭管辖。（3）宣告自己对案件无管辖权。为了确保遵守有关管辖权的规则，并且避免诉讼程序的无效，刑事法院有权宣告自己对案件无管辖权。对此法国和德国法律都有规定：“收到移交案卷的法院，认为审理、裁定上诉系属于其他法院管辖范围的时候，要以裁定宣告自己无管辖权。法院在裁定中要明确有管辖权的法院，对裁定不得要求撤销，裁定对其中所明确的法院有约束力”；如果经过变更犯罪事实原有的认定罪名，新认定罪名的犯罪不再属于受诉法院的管辖权限，那么错误地受理了案件并对本案犯罪事实作出新的定性的法院，应当宣告其无管辖权。[2] （4）继续审理。对此，俄罗斯《联邦刑事诉讼法典》第34条规定，“法院确认所受理的刑事案件属于同级的另一法院管辖，如果已经开始法庭审理，则有权经受审人同意后继续审理该案。”但如果刑事案件属于上级法院或军事法院管辖，则在任何情况下均应按照管辖移送刑事案件。
