一是犯罪的动机和目的不同，黑社会性质组织主要是为了追求经济利益，其实施的寻衅滋事、聚众斗殴，欺行霸市、欺压百姓，强拿硬要、故意伤害等等违法犯罪行为，是为了夺取更大的非法经济市场，攫取更多的非法经济利益。恐怖组织则是受意识形态的影响追求政治目的或为发泄对社会的不满，在特定的时期或一定区域内制造引起社会动荡或造成人们恐惧不安的事件。
二是侵害的客体不同，黑社会组织侵害的主要是社会管理秩序，该组织的成立直接危害的是社会管理机制，而恐怖组织侵害的是社会的公共安全，该组织的成立直接对社会造成威胁而引起人们恐惧。由于侵害的客体不同，也体现了二者的社会危害程度的不同。
三是犯罪所涉及的违法犯罪领域和表现方式不同，黑社会性质犯罪涉及的违法犯罪领域广，包括非法经营、强迫交易、敲诈勒索、走私、贩毒、洗钱、诈骗、赌博、控制卖淫、强收“保护费”，甚至抢劫、杀人、伤害等，其犯罪的表现形式多为公开化，通过暴力、威胁、欺骗、腐蚀等手段，公开进行欺行霸市、强买、强卖、垄断经营等。黑社会组织及其成员大多为人民群众所知晓。恐怖组织一般只涉及暴力犯罪，如爆炸、放火、绑架、投毒、杀人等，其实施犯罪一般是隐蔽的，其犯罪组织及其成员一般不为外界了解和掌握。
在司法实践中，黑社会性质犯罪与恐怖组织犯罪有可能出现相互渗透的情况，即某一犯罪组织兼具黑社会性质组织与恐怖组织的特征，不好区分和确定是何种组织形式，遇到这种情况可作为组织、领导参加黑社会性质组织罪与组织、领导、参加恐怖组织罪的想象竞合犯，依“从一重处断”的想象竞合犯的法律适用原则处理。
第二，黑社会性质组织与普通犯罪集团。根据
刑法第
二十六条第二款的规定，犯罪集团是指三人以上为共同实施犯罪而组成的较为固定的犯罪组织。该条文对犯罪集团的定义是比较抽象的。1984年6月15日最高人民法院、最高人民检察院、公安部在《关于当前办理集团犯罪案件中具体应用法律的若干问题的解答》中，对认定犯罪集团的条件作了如下规定：①人数较多（三人以上），重要成员固定或基本固定。②经常纠集在一起进行一种或数种严重刑事犯罪活动。③有明显的首要分子。有的首要分子是在纠集过程中形成的，有的首要分子在纠集开始时就是组织者和领导者。④有预谋地实施犯罪活动。⑤不论作案次数多少对社会造成的危害或其具有的危险性都很严重。该司法解释对普通犯罪集团的特征应当说是作了比较全面的概括，至今仍应适用。根据
刑法规定的犯罪组织的几种形态，其形成和发展的过程一般是由无特殊组织形式的犯罪团伙发展到普通犯罪集团，再发展到有组织犯罪（包括黑社会组织），普通犯罪集团是犯罪团伙的特殊表现形式；有组织犯罪是普通犯罪集团的特殊表现形式。根据
刑法的规定只有组织、领导参加黑社会性质组织或恐怖组织的行为才单独构成犯罪，组织、领导、参加普通犯罪集团的行为并没有单独认定为犯罪。由于普通犯罪集团与黑社会性质组织在犯罪组织形式、内部分工、管理“制度”以及犯罪组织的相对稳定性方面没有明显的区别，在司法实践中难以区分。笔者认为黑社会性质组织与普通犯罪集团的划分可从三方面来分析。
