按照环评技术导则的规定，任何环评都需要先编制环评大纲，经批准后才能进行具体的环评工作。但是，从清华大学接受编制环评报告书直到最后完成提交，只有大约不到一个月的时间。在这么短的时间内要完成一项基本数据缺乏或者已遭破坏的已建工程的环评工作，难度可想而知。
虽然圆明园湖底防渗工程是导致事件发生的起因，因此以圆明园湖底防渗工程为对象进行环评始无可厚非的。但由学者们所指出圆明园环评报告书涉及范围太窄问题，的确是从整体上正确评价这一事件对圆明园周围环境的实际影响的关键问题。
这一点表明，在决定环评报告书的评价对象和范围等具体环评工作的具体作为方面，法律和技术规范留给编制单位和审批机关自行裁量的余地还是很大的。当然也就难免引起他人对环评报告书的争议。
（三）项目审批各行政主管部门之间缺乏程序制约与荒唐的补办程序规定
依照《
环境影响评价法》规定；“建设项目的环境影响评价文件未经法律规定的审批部门审查或者审查后未予批准的，该项目审批部门不得批准其建设，建设单位不得开工建设。”然而，包括2005年年初国家环保总局责令停建的30个违法开工项目在内，圆明园湖底防渗工程也属于违法开工建设项目。
为什么在法律已有明确规定的前提下，依旧会有那么多的违法项目存在呢？我认为问题出在两个方面：
第一，是项目审批各行政主管部门之间缺乏程序制约。在我国，国家并没有制定专门的行政程序法，《
行政许可法》也只能规范行政机关的审批许可行为本身。这样，即使有关行政机关在环评程序未履行之前故意违法审批，也没有可供具体操作的惩处该行政机关工作人员的规定。因此，在国家机关之中，现实行政权力的大小并非法定，而是由该行政机关的级别以及管辖事项涉及经济利益的大小而决定的。例如，在国家环保总局举行的听证会上，圆明园管理处的负责人竟然在会议进行时突然起身离去，法律的尊严就在这样的举止面前受到践踏。
第二，是《
环境影响评价法》关于对建设单位未报批环评擅自开工建设行为的结果只是责令限期补办的规定所致。当补办行为被法律规定为合法行为的条件下，任何项目的建设者都会将环保审批视为儿戏。因为，许多重大建设项目的环境影响是非常严重的，为了逃避环保审批建设者选择了以先行建设、然后再行补办手续的方式。其结果导致环评的预防功能完全丧失。圆明园湖底防渗工程就是一个最好的例证，最后如何评价也对已经发生的环境损害无济于事。
（四）环评单位及其有资质的专家缺乏独立性
