如果说，司法独立是司法界崇尚司法权威、捍卫司法公正而渴求的一种至高无上的司法尊严，那么，学术独立应该是学术界崇尚学术自由、捍卫学术正义而为此呐喊的一种至高无上的学术尊严。司法要求独立，学术也应要求独立。这都属于是人的独立精神的具体体现，只有人人具有了独立的精神，才能塑造出独立的社会精神。社会精神的独立不唯在司法界，学术界同样也应该倡导独立精神，缔造学术独立秩序，以弘扬独立之思想和自由之精神。
　　　　　　 学术要独立于权力和权势
　　权力的正当本质就是服从，非正当本质就是屈从或者辱从。学人的思想必须远离权力和权势的桎梏，而不能如《墨子·尚同》中所说“上之所是，下皆是之；（上之）所非，下皆非之”，因为这样的学术思想，在土生阿耿看来就是沾染了“权臭”的思想，很容易成为权力的附庸下品，从事这种研究的学人，往往情愿并追逐权力，一天到晚梦想成为权力的包养的“学术情人”，凡是权力或者权势所要的，他就开始“炮制”，有时侯连饭都顾不上吃，觉也顾不上睡，老婆也顾不上陪，要命的是，有的学人为了彻底跪倒于权力之下，甚至极有可能抛弃人性，残忍地“休”掉自己唠叨不止的爱妻。
　　我土生阿耿之所以主张学术独立于权力，是因为我在多年的读书经历和调研观察中，已经深深地注意到行政权力一直在支配我们的学术。有“中国科技界真理斗士”之称的中国科学院院士、中国科学院生物物理研究所研究员邹承鲁先生曾经指出，在中国的科技管理中，行政权力直接掌握大型课题的项目计划和庞大经费，项目和经费的取得取决于研究人员与行政官员的关系，他名之为“处长政治”和“人际政治”。如此一来，学术根本谈不上什么独立。试想，如果我们的科研课题一旦被权力和权势所御用，成为包装权力裸体、膨胀权力扩张的外衣时，那么，我们的学人谈何保证思想独立呢？为什么有些课题在中期检查时因为讨不到权力的欢心而被责令“修改”呢？“修改”的提法还是好听的，有时侯干脆被责令“整改”，听起来多少有些伤人。修改或者整改的理由不是因为学术性不够，而是因为没有展示权力成就，被冠之的堂皇借口则是“不够务实”。不仅如此，权力还广泛地渗透到新闻出版界，这将直接导致一些报纸、期刊、电台、电视台等媒体枪毙一些“不合拍”的稿件或者节目。即便不至于死地，也会被责令“修改”，直到“合拍”为止。显然，在这种权力支配学术的人文秩序下，是难以实现什么“学术独立”的。
　　当然，需要特别指出的是，主张学术独立于权力或者权势，不是在倡导学术要反权力，而仅仅是在提出学术要不为权力所欺骗、误导或者成为权力的低级附属品。权力作为一种维持社会系统运行的公力，只要正当化运作，我们应无条件尊重，并且为其更好地发挥治理社会和造福民众之功能而建言献策。同时，主张学术独立于权力或者权势，也不是意指学术脱离政治。政治作为社会系统的一个构成元素，可以也应该成为学术研究的课体，作为学人，不能脱离政治。毕竟如亚里士多德所说“人是政治的动物”，我们不能因为学术独立于权力或者权势而不去过问政治。如果为了追求学术独立于权力或者权势而对政治不闻不问，那不是学术独立，而是学术孤立。

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