2、有些条款的内容与修改后的《
刑法》、《
刑事诉讼法》等基本法律的有关条款规定不相一致，甚至还发生冲突。如对于免予起诉制度的规定，
《监狱法》第
60条规定：“对于罪犯在监狱内的犯罪案件，由监狱进行侦查。侦查终结后，写出起诉意见书或者免予起诉意见书。”而修改后的《
刑事诉讼法》则取消了免予起诉制度，两法规定的不一致。对于撤销假释的规定，
《监狱法》第
33条第2款规定：“被假释的罪犯由公安机关予以监督。被假释的罪犯，在假释期间有违反法律、行政法规和国务院公安部门有关假释的监督管理规定的行为，尚未构成新的犯罪的，公安机关可以向人民法院提出撤销假释的建议，人民法院应当自收到撤销假释建议书之日起一个月内予以审核裁定。人民法院裁定撤销假释的，由公安机关将罪犯送交监狱收监。”“可以”的涵义是可以提出也可以不提出，即有一定的伸缩性，而修改后的《
刑法》第
86条第3款规定：“被假释的犯罪分子，……，尚未构成新的犯罪的，应当依照法定程序撤销假释，收监执行未执行完毕的刑罚。”“应当”的涵义是必须的意思，即没有伸缩性，即两法规定不一致。如对罪犯暂予监外执行，
《监狱法》第
25条规定：“对于被判处无期徒刑、有期徒刑的罪犯，符合
刑事诉讼法监外执行条件的，可以暂予监外执行。”可是在修改后的《
刑事诉讼法》第
214条规定：“对判处有期徒刑或者拘役的罪犯，有下列情形之一的，可以暂予监外执行。”即两法明显地发生冲突。
3、有些条款本身滞后于当前形势发展需要，不能做到与时俱进，在司法实践中出现了执法“尴尬”的现象。如
《监狱法》第
7条第1款后段规定“以及其他未被依法剥夺或者限制的权利不受侵犯”，即罪犯权利未作“兜底性”规定，这已明显地不适应当前监狱改造罪犯的工作需要，因为随着累惯犯、高智能犯等罪犯在狱内押犯中的比例提高，反改造手段将出现智能化和“合法化”等趋势。如一些罪犯对结婚权、出版权等打着“法无明文禁止即可为”的现代法治原则的旗号申请履权时，监狱不让其行使这些权利便会招致侵犯罪犯人权的社会指责和法律追究的压力；让罪犯行使上述权利也会招致“徇私舞弊”“亵渎法律”等的社会指责和法律责任追究的压力，因此，
《监狱法》在罪犯的权利上由于未作“兜底性”规定，监狱在罪犯的维权和剥夺（限制）上陷入“尴尬”境地，左右不得。如在改造现场出现的不具有暴力行为不履行义务不接受教育（教育不是万能的）的“三不”罪犯，监狱警察对采取一些强制措施后（
《监狱法》里没有明文规定监狱警察在改造现场对“三不”罪犯采取强制措施的权利），有些罪犯便以监狱警察有体罚、虐待的行为告之检察院或纪检机构。有些监狱人民警察对检察院或纪检机构的依法调查不能正确对待，便在执法中对文明管理和严格管理产生片面理解，使一些监狱的人民警察在执法过程中出现了一些监狱警察对“三不”罪犯管理出现“缩手缩脚”的现象，严重地影响了监狱执法效能和国家权威。如对罪犯禁闭期限规定的过短，使一些胆大妄为的罪犯对禁闭毫不在乎，用他们的话说，关禁闭是“县级干部在疗养院蹲了半个月”，而在韩国监狱，罪犯的禁闭期限是两个月，所以说禁闭期限太短对严重违反监规纪律的罪犯在处罚的“量”不足，不能震慑罪犯。如有一些罪犯在劳动中故意消极怠工，监狱人民警察对其批评后，有的罪犯便以其体质不好为由分辩；有的罪犯便以监狱人民警察有体罚、虐待行为告之检察院或纪检机关，因此，仅凭第58条第1款第5项后段的“消极怠工经教育不改”给罪犯予以行政处罚的规定已不适应当前狱内押犯结构的变化，应对“消极怠工”尽量要予以“量”化，使其适应当前狱内押犯结构的变化的需要。如随着近年来在我国无国籍罪犯的增多，在其刑满后监狱发放释放证明时主送机关是何机关，因此，
《监狱法》第
36条的规定已不适应当前监狱工作的需要。
