1、制度基础上的缺陷
在实行辩诉交易的国家，几乎都确立了被告人不被强迫自证有罪和审判机关不告不理的诉讼原则；而在我国被告人应当如实回答司法人员与案件有关的提问，审判机关也可以改变起诉机关的指控。因此，辩诉交易制度在我国真正确立，还缺少必要的制度基础，只能是初步确立。因为如果被告人如实回答了自己有罪的提问，控诉方不需要进行辩诉交易就能获取被告人的有罪供述，辩诉交易就没有必要了；如果审判机关可以改变指控，降低控诉方的诉讼风险，控诉方就失去了进行辩诉交易的积极性。
2、控辩方地位和被告人权利保护上的缺陷
美国的辩诉交易是以当事人主义诉讼模式为基础的，其基本特征是：A、虽然被告人是被追诉之人，但是其地位与控方的检察官对等；B、在诉讼活动中保护被告人的人权，与保护其他公民的人权同等重要。我国的“辩诉交易”是建立在带有强烈职权主义色彩的抗辩模式基础上的，其基本特征是：A、诉讼地位不平等，被告人处于绝对的被追诉地位；B、在诉讼中，被告人的权利常常被忽视，或者被非法剥夺。在这种条件下，我国的“辩诉交易”很难正确实施，主要体现在认罪的“自愿”上，即认罪是否出于被告人的的自愿，没有基本制度保障。
3、对侦查机关控制上的缺陷
在美国，对侦查机关控制极为严格，主要表现是：通过向警察提供搜查、扣押、逮捕、监听等事务的法律建议，检察官对侦查活动具有较大影响力；司法令要由法官签发，侦查活动受到法官控制；被告人及其辩护人，对警官的侦查活动亦有较强制约力。而在我们中国，除检察机关在立案和逮捕上有一定约束力外，侦查活动几乎是失控的。这点区别表现在辩诉交易上，侦查机关不仅具有较大的处分权，而且直接影响到我国检察机关能否实施辩诉交易。
4、具体制度上的缺陷
根据我国现行刑事诉讼制度的规定，我国“辩诉交易”具体制度存在的缺陷，主要表现是：
第一、在交易主体上，我国不仅有检察机关和被告人，而且还包侦查机关和审判机关。人民法院可以决定适用
《意见》，实施辩诉交易，影响了控审职能的分离。
第二、在交易内容上，我国的“辩诉交易”仅仅是量刑交易，不包括罪名（行为的定性）、罪数交易，影响对疑案和疑罪的处理。因为，辩诉交易制度的设立，其主要目的就是便利于对疑案和疑罪的处理。
第三、在适用范围上，我国“辩诉交易”的适用阶段范围非常广泛，但是案件范围有限。即，如果被告人系盲、聋、哑人的，可能判处死刑的，外国人犯罪的和案件有重大社会影响的，就不能享受“辩诉交易”待遇（
《意见》第
2条）。
《意见》作这样的规定，有违法律正义原则。
