从上述两种法律制度的规定可以看出二者在保护范围上是存在着差异的，在如下情况中由于两种制度的保护范围不存在交叉，只能由其一进行保护，企业没有选择余地：(一)属于
专利法第
二十五条规定的范围，不能给与专利保护；（二）不符合专利授予条件——不具备新颖性、创造性和实用性。（三）被公开的技术信息。由此也可以得出，会引起两种模式交叉需要企业做出选择的情况：该技术信息既可以申请专利又可以作为技术秘密进行保护。
三、保护模式的比较与选择
“在当今激烈的竞争环境中，技术已成为企业获得商业成功的关键因素，因此企业就必须决定是通过专利制度还是商业秘密制度来保护这种非常有价值的信息。在选择哪种知识产权保护方式上做出了错误决定，就可能造成企业数千万美元的损失和竞争优势的丧失。因此企业就必须通过很细致地分析以确定最有利的保护形式。” 本文拟从权利的取得、权利的利用和权利的保护三个方面对两种制度进行对比分析，以此为企业的选择提供参考。
（一）权利取得之对比分析
首先，从技术获得相应制度保护需要满足的条件来看。专利制度要求技术必须符合新颖性、创造性和实用性等条件，技术秘密保护制度也要求技术符合秘密性、新颖性、实用性等条件，两种制度对技术的实用性的要求是基本相同的，但对技术的新颖性和创造性的要求是不同的。一般认为专利制度对技术的创造性和新颖性要求要高于技术秘密保护对技术的要求。此外，技术秘密保护制度要求技术具有秘密性。针对这一制度因素对比，企业需要注意：技术的创新性达不到专利要求的，有作为技术秘密受到保护的可能；技术如果不能保密或者保密措施的成本超过技术的经济价值，选择技术秘密保护模式是不理性的。
其次，从权利取得成本来看。专利权的取得不是自动的，要由主体提出申请并获得国家批准，在申请过程中的耗费即为主体所要付出的成本。专利申请过程中显而易见的成本主要包括：专利申请费用、专利的国际申请费用、专利代理费用等。此外还需注意的是一些影响主体竞争优势并最终影响主体收益的制度因素：（1）专利申请中的信息公开。根据
专利法的相关规定，在专利申请过程中，技术信息会全部向社会公开。这种公开会对主体产生以下影响：首先，竞争对手可以通过公开的信息了解主体的研究及其进展情况，并在此基础上改进研制出更先进的技术以获得竞争优势 ；其次，竞争对手可以绕过专利技术、进行专利技术的“周边发明”，甚至这些公开的信息可能会刺激竞争对手想出其他额外的发明 ；第三，其他企业可以在该技术没有申请专利的国家免费使用该技术。针对这一制度因素，企业需要注意：评估技术信息的公开对竞争对手的影响——如果技术信息对于竞争对手具有很高的启发性价值或者对手容易绕过专利技术时，会削弱自身的竞争优势，增强对手的竞争实力，选择专利保护是不理性的，可以考虑技术秘密保护；如果不影响竞争优势，可以考虑专利保护；如果技术在某一领域处于开拓性、基础性地位，亦即后来者难以绕开专利技术进行周边发明，可以考虑专利保护。（2）专利申请程序中的时间成本。“专利申请尤其是发明专利申请审批的周期长，有时该发明创造的经济寿命已经结束，而专利权还未获得，这种情况下申请专利几乎没有什么意义” 。针对这一制度因素，企业需要注意：技术的经济寿命如果比较短，不能承受专利申请中的时间消耗，选择专利保护是不理性的。（3）专利申请不能确定获得专利权。“专利申请不能确保专利权的授予，同样专利申请也不能确保授予的专利权就是申请人期望的权利要求范围。” 在这种情况下，技术信息若已经被公开，那就连获得技术秘密保护的可能也没有了，该技术信息就将为竞争对手免费使用。针对这一制度因素，企业需要注意：要评估专利申请的成功机率，如果申请成功的机率低，不宜申请专利。（4）职务发明创造中对发明创造人的法定奖励。我国《
专利法》规定职务发明创造的专利申请权属于发明创造人的单位，但技术的发明创造人可以获得法律规定的获得奖励和报酬的权利，并可以在专利文件中写明自己是发明人或设计人的权利。从企业的角度看，这也是需要付出的成本。技术秘密保护制度中没有对发明创造人这种物质上和精神上的利益激励做出规定，那么在企业享有技术秘密的权利时，发明创造人的利益可能就缺少法律制度的保障和激励，单从这一点考虑的话，技术创造者可能更倾向于专利制度的保护。针对这一制度因素对比，企业需要注意：对职务发明创造，发明创造人可能有选择专利保护的倾向，如果制度保护主体选择技术秘密保护模式，需要注意对发明创造人进行精神利益或者物质利益的激励。
