虽然技术秘密获得保护不需要申请、审批，基本上是自动取得的，但制度对技术有秘密性的要求，这需要主体采取保密措施，因此采取保密措施的成本，即为主体取得技术秘密权所要付出的成本。
　　（二）权利利用之对比分析
　　首先，在排他性方面。“无论是专利还是技术秘密，从本质上来讲，都是通过赋予企业某种技术垄断来保护其对特定智力创作成果所享有的利益。只不过专利权人是依靠法律的直接规定取得排他性的使用权利，而技术秘密权利人则是通过自身的保护手段来获取同样的独占使用” ，亦即专利权的排他性直接依靠法律规定，而技术秘密的排他性主要依赖于技术本身秘密性的保持——一旦泄密权利即告消失，而且法律对于其他人通过独立研发和反向工程获取技术秘密是允许的。从这一角度讲，专利权的排他性要高于技术秘密。此外，专利权的排他性在打击竞争对手方面具有很大的优势，特别是当技术具有基础性时。因此，企业需要注意：如果制度保护主体在寻求技术保护的同时，还意图攻击、限制竞争对手，选择专利保护更为有利；如果技术和容易被对手独立研发或者通过反向工程分析出来，选择技术秘密保护模式是不理性的。
　　其次，专利和技术秘密都可以通过许可他人实施或者转让来获利，但是无疑专利在这方面因为没有保密的要求可以进行的更为便利。而技术秘密在许可证贸易中，许可的对象越多秘密被泄漏的风险就越大，而且在许可协议中附加的严格的保密条款可能使协议较难达成，此外在技术转让过程中的恶意磋商也可能导致技术秘密的泄漏，从而使权利人受到损失。针对这一制度因素对比，企业需要注意：如果研发技术的目的主要是希望通过许可他人实施来获益，申请专利将是较好的选择。
　　第三，专利权在利用过程中有排他性强的优点，但也正是由于专利权的这种强排他性，法律为了平衡专利权人与国家和社会之间的利益，使专利制度能造福于人类，对专利权的行使作了法律上的限制，主要包括：专利实施的强制许可、国家推广应用以及一些法律不视为侵犯专利权的行为。与之不同，“技术秘密作为纯粹的私权，只要对其拥有和行使不妨害到社会利益、不对他人造成损害，法律便不会主动干涉权利人的活动。采用技术秘密方式所受到的法律限制远远小于专利。” 针对这一制度因素对比，企业需要注意：如果制度保护主体不希望受到国家的过多干预，选择技术秘密保护模式较为有利。
　　（三）权利保护之对比分析
　　首先，权利受到保护的前提是权利的合法有效存在，无论是专利权还是技术秘密，其维持都是要花费成本的，这些成本应在技术收益中剔除。专利权主体需要缴纳专利年费以维持其效力，如果企业拥有的专利权较多，这也是不能忽视的成本。此外在专利权效力维持方面还有两个值得注意的制度因素：首先是专利无效宣告制度，获得了专利并非就高枕无忧了，竞争对手可能利用该制度对专利权进行攻击。其次，专利权有时间限制，专利权到期后，技术信息进入公共领域，任何人都可以无偿使用该技术，原权利人即丧失了竞争优势，而技术秘密只要能保持其秘密性是没有时间限制的。因此，企业需要注意：技术的经济寿命如果较长，可以超出专利的保护期限，选择技术秘密保护更为有利；如果技术保密措施的成本超出技术的经济价值，选择技术秘密保护模式是不理性的；主体需要评估专利的可靠性，防止竞争对手利用无效宣告制度对专利进行攻击。

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