（二）法定权利与权利实现的差距
　　即便纳税人发现多纳或误纳事实，基于税法的公法属性，其权利行使也必然会受到公法秩序的影响。退税权源于税法直接规定，但本质上是私权，如何协调“公”与“私”的冲突，直接关系权利的实现程度。纳税人的退税申请权，有时会让位于公法建立的既定秩序，这既是公法行为效力的应有内容，也是“公”“私”冲突处理的一贯法理，表现在纳税人权利规定上，法定权利与权利实现之间往往会出现差距。
　　行政核定的公定力，不仅限制了税务机关自动退税的程序，也会限制纳税人申请退税的程序。纳税人“自我课赋”时，其税额确定不借助税务机关行为，因此其退税申请理论上可以成立并得到支持，但“行政核定”下问题会复杂得多。未被撤销或变更的行政核定，直接拘束纳税人的权利内容，因此，即便纳税人发现确有多纳或误纳事实，在该核定效力改变前，其纳税义务被推定成立且有效，申请退税自然失去法律依据。退税权的规定是对纳税人权利的尊重，但有时这似乎是一个难以实现的权利。
　　此情况下的另一问题是，使“行政核定”效力归于消除的“前置行为”应由谁行使？由此产生的成本应由谁负担？根据行政法，对“行政核定”这一影响纳税人权利内容的具体行政行为，相对人可以申请复议或提起诉讼，但因此必然会有部分“投入”，纳税人承担此种权利维护成本，某些情况下[6]，实际上是由无过错者（纳税人）承担了过错者（税务机关）的部分责任，这不仅有违税法的权利保护本质，也与私法原理不符。另一方面，即使纳税人三年内发现多纳或误纳事实，也可能该核定因经过一定期限[7]而变得“无可争议”，纳税人实际上无法完成该“前置行为”。如果撤销或变更“行政核定”的义务归于税务机关，若其怠于为此行为，客观上也可能使纳税人丧失复议权或诉讼权，问题同样存在。此种情况下，纳税人的退税权又应如何救济？
　　可见，在“行政核定”下，纳税人发现多纳或误纳事实，也无法直接申请退税，而为“前置行为”又受到诸多限制，一定程度上，其退税申请权被空置。那么“行政核定”下，是否存在依申请退税的空间？纳税人的退税权应如何实现？这些都是立法应予以解决而未解决的问题。
　　（三）除斥期间与消灭时效的困境
　　根据现行法规定，纳税人只有在“三年”内发现多缴税款，方可请求退税。三年期限的性质规定不明，带来了法律适用上的诸多难题，无论视其为除斥期间还是消灭时效，都不具足够的解释力。
　　除斥期间届满，消灭的是实体权利本身，且除斥期间无中止、中断事由，因此，若将三年期限界定为除斥期间，则自结算缴纳税款之日起三年后，退税权消灭，自然，只要纳税人在此期间未发现多纳或误纳税款的，向其为税收返还便丧失了依据，税务机关无需退还多纳或误纳税款。而根据，《税收征管法》第51条的规定，税务机关发现纳税人多纳税款的，应无期限地退还，可见，纳税人的实体权利并未消灭，否则税务机关自然可以“合法地”占有纳税人多纳或误纳税款。此外，根据法理，一般只有对形成权才会设置除斥期间，而纳税人的退税权性质上类似于不当得利返还请求权，自然不能对其设置除斥期间。

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