新旧法律体系对土地承包经营权的冲突适用不同的解决规则。最高法院此前于2005年9月1日施行的《农村土地承包纠纷解释》中所确立的确权制度首先是登记优先规则；其次是当均未登记时，则适用合同先生效者优先的规则；第三是当不能以前两种方式确定优先权人时，则合法先占者优先。笔者认为，在物权法生效后不应再适用前述规则。因为物权法对土地承包经营权的原初设立取得方式只有一个标准，即“合同生效”一种方式，并没有登记对抗制度，只在继受设立的二级用益物权中才规定了登记对抗规则。《解释》的缺陷在于对土地承包经营权的取得层级不加区分地一律机械地适用登记优先规则，将会对农村土地承包经营权的稳定性产生危害。因为这种确权制度不能排除恶意登记的可能。试想，当某一农户用承包合同获取合法的土地承包经营权后并未登记（因为按照现行法律制度其没有登记的义务），而另一农户就同一宗土地与发包人签订了承包合同且进行了登记的话，则按照《解释》的确权规则无疑是后一农户的权利优先，前一农户的土地承包经营权等于受到登记优先规则的剥夺。这将使得所有通过合同方式但未登记而取得一级承包经营权的农户权利均处于不稳定状态中，故对一级和次级流转的性质不加区分而无条件地直接适用《解释》的确权规则显然将会与物权法第一百二十七条的规定发生严重冲突。须知，物权法对农户取得一级土地承包经营权的方式之所以设定为合同方式而弃用登记主义，正是建立在对我国农村现实给予充分尊重的特殊的国情基础之上的立法抉择，我们不能机械地套用“登记”式物权原理而危及农村地权状态的稳定。　

　　通过招标、拍卖和公开协商等方式获得的以荒山、荒沟、荒丘、荒滩、荒沙为流转对象的“五荒”地承包经营权是一种具有相对完整权能的用益物权。其不仅可以互换、转包，而且可以采取转让、入股、抵押及其他方式进行自由流转，但在土地用途等方面仍要受到严格的限制。诸如其可以作为农民专业合作社的入股资本，但不能作为以房地产开发为目的的入股资本。但应当认识到，这种可以相对充分流转的用益物权并不是我国现行农村地权制度的主流形态。　

　　二、农村地权中的宪政价值与物权权能冲突的协调　

　　物权法中涉及集体财产权的条款约35条，以农村土地承包经营权和宅基地使用权为主要内容的集体土地制度是整个物权法体系中一个及其特殊的不动产权利制度。　

　　农村地权的特殊性在于其最主要的物权权能处分权受到了严格的限制，无论是农民或其所在的集体经济组织均不自由地享有对农村土地的处分权。该限制性可见诸于物权法第一百八十四条，其总体立法精神是禁止耕地、宅基地、自留地、自留山等集体土地使用权进行抵押。禁止抵押即意味着禁止流转，也就体现出农村地权的权利人作为市场主体的一部分对自己的物权并不享有与其他物权主体平等的处分权。