首先，忽视罪责要素，损害构成要件的定型化机能。众所周知，在三阶层犯罪论体系中，行为要件的定型化机能是一个基石性和前提性的范畴，它是判断该当性存在与否的试金石。食品监管渎职罪中，这一定型化机能被彻底扼杀，因为无论个性化的故意要素，抑或是过失要素，均可以构成该罪名，在判断是否该当于食品监管渎职罪的构成要件时，已经无须再进行罪责要素方面上的判断了。这在司法实践中会导致司法工作人员无所适从，甚至成为其根本不问罪责要素，而任意出入人罪的借口。
其次，忽视主观恶性，损害罪刑相适应这一刑法基本原则。罪刑相适应是贯穿于刑法理论的基本原则，而坚持罪刑相适应原则，一个很重要的方面就是考察行为人的主观恶性。一般来说，刑法以处罚故意犯为原则，以处罚过失犯为例外，原因在于同样客观行为的情形下，故意犯的主观恶性要远远大于过失犯。因此，勿庸置疑，食品监管渎职罪中，以滥用职权形式实施的犯罪行为，其在客观危害程度上也高于以玩忽职守形式所实施的犯罪。这一点，早在1997年刑法修订时就有高铭暄、王作富等刑法学者指出：滥用职权罪比玩忽职守罪的主观恶性要大，在处刑上应比玩忽职守罪重一些，而且，这一建议还曾经得到数稿刑法典修订草案的支持。[2]具有同样弊病的还有《刑法》第398条所规定的故意泄露国家秘密罪和过失泄露国家秘密罪。[3]
再次，忽视刑罚个别化，损害刑法的公平和正义理念。刑法是一门科学，以公平和正义为终极追求，而实现公平和正义的一个很重要的途径就是实现科学的刑罚个别化。刑罚的个别化包括立法上的个别化和司法中的个别化，其中，前者是后者的依据和准绳，二者之间是源与流的关系，没有立法上的个别化，司法中的个别化无以依存；而仅有司法中的个别化，立法上的个别化则无以贯彻。食品监管渎职罪将滥用职权行为与玩忽职守行为一视同仁，直接破坏了立法上的个别化，从源头上破坏了刑罚个别化原则在刑法中的执行，最终会损及刑法的公平和正义。
