（五）大检查查出的各种应交违法违纪款项，必须按照现行的分税制财政体制如数收缴，分别缴入中央金库或地方金库，不得“混库”，不得把应交中央或上一级财政收入缴入本级金库，不得以任何借口少交或不交。凡自查出来的违纪应缴款项，应当月调帐，并按规定补缴入库；凡被查出来的应缴款项，应在接到大检查处理决定后１５日内，全部补缴入库。个别资金确有困难，补交后会严重影响生产经营的单位，在报经检查机关核实批准后，可允许分期交清。如有拒不交库的，应按规定加收滞纳金，并通过银行划拨扣缴。各级银行对汇交的违纪款项不得层层占压。
（六）各级大检查办公室和有关部门在审核企业和单位报来的《自查报告表》时，发现有自查自报不认真，或弄虚作假，报小不报大，报少不报多，不如实调帐的，要进行通报批评，并责令其限期进行自查补课，或列作重点检查对象。对重点检查出的各类违反财经法纪问题，要向被查单位发出《检查结论和处理决定》，做到事实清楚，证据确凿，定性准确，处理恰当，手续完备。对各级大检查办公室发出的《检查结论和处理决定》，被查单位必须遵照执行。如有异议，应在接到《检查结论和处理决定》之日起１５日内，报告大检查办公室重新研究处理意见，也可按财政部门的复议程序申请复议。在重新研究或复议期间，原《检查结论和处理决定》应予执行。
（七）各级业务主管部门在重点检查中查出所属单位的违反财经法纪问题，对主管部门可视同自查处理。
（八）对委托地方查出中央企事业单位实际缴入中央财政的违法违纪金额（不含国家税务局系统和财政部派驻各地财政监察专员办事机构单独组织检查查出的金额），按下列项目给地方财政以２０％的分成。具体项目包括：①中央企业所得税、利润及其罚款和滞纳金；②中央事业单位和中央企业以前年度的“两金”及其罚款和滞纳金；③中央企事业单位的“小金库”资金及其罚款；④金融企业和非银行金融机构所得税及其罚款和滞纳金；⑤中央亏损企业补贴款。
地方大检查办公室组织查出企业应交中央财政的消费税及其罚款和滞纳金，按实际入库数给地方财政１０％的分成。
地方所得分成收入，年终由中央财政返还，列入地方财政决算，在解决大检查经费以后，统筹用于发展经济和各项事业。
有关委托地方检查中央单位以及分成的具体办法，由财政部另行规定。
七、大检查查出有严重违法违纪问题和屡查屡犯行为的直接责任人，除应按规定给予经济处罚外，还应按照干部管理权限，建议有关部门给予必要的党纪、政纪处分。触犯刑律的，移交司法机关惩处。
对阻挠、破坏检查的单位和个人，可视情节轻重，进行通报批评，或经本级人民政府同意后，采取其他处罚措施。
