省级财政部门在收到专项资金后，会同有关部门在二个月内将资金落实到具体项目，并将具体项目清单报财政部、国家环保总局等备案。
第十三条 地方安排专项资金，应根据轻重缓急及项目前期工作准备情况，进行合理排序。并根据国家下达的减排任务、专项资金补助规模等，统筹照有关规定及时拨付资金。
第十四条 对具体项目的投入方式，由省级财政部门会同环保等部门视本地区减排工作和规划项目具体情况确定。可采取"先建后补"、"以奖代补"等方式，改进资金运行管理机制，努力实现投入方式创新，确保专项资金安排使用的规范、安全和有效。
第十五条 地方财政、环保等部门要督促有关部门抓紧组织项目建设，积极筹措落实配套资金，确保项目建设按照规划稳步实施。
第十六条 地方财政部门要积极增加规划确定的污染治理项目投入，原则上不低于中央财政专项资金补助规模。其中财政困难地区，主要由省级财政统筹考虑。
第十七条 专项资金必须严格按照规划确定的建设内容和标准安排使用，并纳入地方同级财政预算管理。各地区、各单位不得以任何方式挤占、截留、滞留、挪用，也不得用于平衡本级预算。结余资金，可结转下年度安排使用。
第五章 监督管理
第十八条 财政部会同国家环保总局，根据各省（自治区、直辖市）减排任务完成情况、配套资金落实情况、规划项目建设实施情况等，在下一年度采取适当的奖惩措施。对于完成情况较好的地区，采取适当奖励；对于完成情况较差的地区，扣减或取消下一年度专项补助资金。
第十九条财政部会同国家环保总局，对专项资金安排、使用情况及项目完成情况，进行不定期或重点监督检查；财政部将授权驻有关省、自治区、直辖市财政监察专员办事处，或委托财政投资评审机构等对专项资金使用情况进行核查。
第二十条 对于违反规定，截留挪用、骗取专项资金或其他违规行为，将按照《
财政违法行为处罚处分条例》（国务院令第427号）的规定进行处理，并依法追究有关责任人的责任。
