三、明确自然保护区内海域使用的申请审批程序
自然保护区内的项目用海，其海域使用申请由批准建立该自然保护区的人民政府的海洋行政主管部门受理，经审核同意后报同级人民政府审批；对超过审批权限的项目用海，应依法报有批准权的上级人民政府审批。
在自然保护区缓冲区和实验区内进行有关活动申请使用海域的，其活动应依据《
中华人民共和国自然保护区条例》等有关规定，取得该自然保护区管理机构或自然保护区行政主管部门的批准。否则，有关海洋行政主管部门不得受理上述区域内的海域使用申请。
自然保护区核心区的用海，在自然保护区获得批准后2个月内；由自然保护区管理机构向批准建立该自然保护区的人民政府的海洋行政主管部门提出海域使用申请，报同级人民政府审批。
自然保护区级别晋升后，原有经法定程序批准的项目用海，应当由海域使用权人在3个月之内到批准升级该自然保护区的人民政府的海洋行政主管部门办理换发海域使用权证书手续。
自然保护区核心区的海域使用权期限最长不超过40年。自然保护区内的有关活动用海，一次批准海域使用权的期限应当与自然保护区行政主管部门批准的活动许可期限一致，最长不得超过3年。海域使用权期限届满的，海域使用权人可依法申请海域使用权续期。
四、加强对自然保护区内海域使用的监督检查
对自然保护区内的适度开发活动用海，应当进行海域生态环境动态监测和后评估。监测和后评估结论应作为海洋行政主管部门审查相关项目用海的海域使用权是否续期的主要依据。对海域生态环境造成破坏的适度开发活动用海，海洋行政主管部门可以提请原批准用海的人民政府依法收回海域使用权。
自然保护区内的海域使用权人应遵守海域使用管理的各项法律法规，自觉接受海洋行政主管部门及其所属的中国海监各级机构的监督检查。中国海监各级机构将依据有关法律法规，对自然保护区内非法使用海域、擅自改变海域使用用途等违法行为进行严肃查处。对本意见印发之日前，已经依法划定的各类自然保护区以及自然保护区内的已有活动使用海域的，用海者应当自本意见印发之日起3个月内申请办理海域使用权证书。逾期不办的，有关机构将依法进行处理。
沿海各级海洋行政主管部门要按照本意见精神，结合本地区自然保护区管理工作的实际，查找存在的问题，制定和完善相应的规定，并以适当方式进行公告。对海洋特别保护区用海的管理，可参照本意见规定的原则执行。有关部门和地区应当各负其责，密切配合，不断强化管理，推动自然保护区海域使用管理工作迈上新台阶。
