民族工作经费主要用于以下几方面：
（一） 处理解决少数民族和民族地区突发性、敏感性及影响经济社会发展亟需解决的特殊问题补助；
（二） 民族自治地方重要纪念活动补助；
（三） 地方民族工作部门开展业务活动补助；
（四） 改善少数民族生活基本条件困难补助；
（五） 民族政法、文化、宣传和教育等方面特殊困难补助；
（六） 少数民族人才培养、培训经费补助；
（七） 少数民族扶贫工作补助；
（八） 民族院校教学科研业务补助；
（九） 本委主办的重大活动补助；
（十） 民族工作特殊需要补助等。
三、申请与批准
（一） 地方申请使用民族工作经费须按程序逐级向各省、自治区、直辖市民（宗）委（厅、局）和新疆生产建设兵团民宗委提出书面报告，由省、自治区、直辖市民（宗）委（厅、局）和新疆生产建设兵团民宗委审核、签署意见后向国家民委提出书面报告。
（二） 申请报告由国家民委批准后，由其机关财务部门统一将经费拨至各省、自治区、直辖市民（宗）委（厅、局）和新疆生产建设兵团民宗委，各省、自治县、直辖市民（宗）委（厅、局）和新疆生产建设兵团民宗委自收到款项后10日内直接将款如数拨至使用单位。
四、规范管理
（一） 民族工作经费严格实现预决算管理，按照“总量控制，分类管理”的原则，由国家民委编制经费预算，经财政部批准后执行。国家民委负责每年按民族工作经费的执行情况编制决算报财政部。
（二） 各省、自治县、直辖市民（宗）委（厅、局）和新疆生产建设兵团民宗委负责各省、区、市范围内民族工作经费的管理和监督，每年底向国家民委报告经费使用情况。
（三） 民族工作经费属民族工作特殊补助款，应专款专用。不得充当大中型基建项目的基建经费，不得充当行政开支。
（四） 稳定规范资金管理渠道，完善已有资金管理模式，提高资金管理水平和效率，不断适应新时期民族工作的需要。
（五） 严格执行经费使用用途，业务主管部门要切实承担起管理的职能，其它任何部门和单位不得以任何理由挪用和挤占专项资金。
五、监督检查
财政部、国家民委根据国家有关法律、法规和财务规章，对民族工作经费的支出范围和使用情况进行审核、检查，根据项目预算的有关要求，加强追踪问效。各省、自治区、直辖市民（宗）委（厅、局）和新疆生产建设兵团民宗委也要加强对本地使用民族工作经费情况的监督检查，及时纠正不合理使用资金的现象。加强对资金使用的管理与监督，并自觉接受同级审计部门的审计、检查。
