上述中央财政决算收支数与向九届全国人大三次会议报告的中央预算执行数比较，财政总收入增加51.45亿元，财政总支出增加45.87亿元（主要是在预算上列收列支的改烧油为烧煤专项收入和支出分别增加46.14亿元，其他项目增减变化不大），赤字数减少5.58亿元。
　　1999年中央决算中部分收支项目与预算相比增减变化较大。在收入方面，关税和进口产品消费税、增值税完成预算的192.4％，比预算增加757.85亿元，主要是国家集中力量严厉打击走私活动，外贸进口相应增加，海关加强税收征管，实现了进口环节税收大幅度增加。证券交易印花税完成预算的165.6％，主要是1999年股市总体比较活跃，股票交易额扩大，相应增加了该项税收收入。营业税和国有企业所得税分别完成预算的85.9％和71.3％，主要是国家几次调低银行存贷款利率，且贷款利率降幅高于存款利率降幅，金融企业上交收入相应减少。在支出方面，基本建设支出完成预算的83.2％，主要是预算执行中将一部分原列中央财政本级的基本建设支出转为补助地方支出。挖潜改造和科技三项费完成调整预算的98.3%，主要是增发国债列入企业挖潜改造资金贷款贴息的预算支出，受银行贷款项目进展影响，部分资金未能拨付。地质勘探费、工交商事业费、支农支出、教育事业费支出分别完成预算的89.4%、88.8%、91.5%、85.1%。一是由于预算执行中，中央各部门所属院校和煤炭地质勘探单位下划地方管理，原列中央本级的支出31.02亿元转为补助地方支出；二是列在上述事业费科目中的事业单位离退休人员经费21.2亿元划入行政事业单位离退休经费科目。如果还原这两项因素，这四项支出则分别完成预算的105.6%、108.1%、101.2%、100.2%。上述收支项目执行与预算比，增减变化较大，虽主要是客观因素和技术原因所致，但有的也反映出我们安排预算时对经济和事业发展的前瞻性不够，需要加以改进。
　　1999年中央财政共发行国债4015.03亿元，除代地方政府举借的300亿元外，中央财政债务收入3715.03亿元，完成调整预算的100％。其中，用于偿还国内外债务本息1910.53亿元，弥补当年赤字1791.6亿元，所余12.9亿元用于补充中央财政偿债基金。中央财政偿债基金自1997年设立后，在调剂年度间债务发行规模，保证国债还本付息，稳定预算方面发挥了重要作用。
　　1999年中央财政收入继续保持了良好的增长势头，这是我国国民经济稳定增长、财税体制有效运行、征收管理不断加强的结果。中央财政本级收入比上年增加957.21亿元，占全国财政收入增加额的61％，不仅使全国财政收入占国内生产总值的比重继续提高，由1998年的12.4%上升到1999年的13.9％，中央财政收入占全国财政收入的比重也有所提高，从1998年的49.5%上升到1999年的51.1%。这是政府财政能力增强的可喜表现，成绩来之不易。1999年中央财政支出，着力于优化支出结构，重点保证了事关改革、发展和稳定大局的支出项目。

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