第十条 项目指南对下一年度（或本年度）资助和补助的项目名称、主要技术经济参数指标、总体目标、完成年限等以专题有关内容形式面向全国公布规定，同时提出申报要求。
第十一条 根据指南公布的项目，凡具备一定研究开发条件的企业、研究、机构、高等院校等均可按项目指南要求规定提出申请。
第十二条 申请基金项目和后补助项目者，必须按规定格式编写项目可行性分析报告或项目研制总结报告及申请表，经本单位对申请的基本条件、研究技术方案或实施方案、应用前景或应用结果等方面进行初审，并由单位领导签章后，报送所在各省、自治区、直辖市地方科委（或主管厅局），国务院各直属科研单位直接报送其行业科技主管部门。
第十三条 各省、自治区、直辖市地方科委（或主管厅局），国务院有关行业科技主管部门应对所申报基金和补助项目进行审核，统一汇总、综合平衡后，按规定时间和要求上报基金和后补助项目秘书处。
第十四条 基金项目申请统一受理后，由秘书处初审分类，按项目邀请同行专家公正科学评审。并根据评审结果，通知中选单位，择优资助。
第十五条 后补助项目申请统一受理后，由秘书处初审分类，按项目邀请有关专家公正科学评审，必要时取证核实，并根据评审和核实结果，通知中选单位，择优资助。
第十六条 专家评审工作可分为会议评议审查和书面评议审查两种形式，必要时可进行报告、答辩。
第十七条 属于项目招标指南的基金和后补助项目，应按“九五”国家重点科技攻关任务招标投标暂行管理办法原则办理。
第十八条 参加项目评审的有关专家和工作人员，必须对评审过程中的专家个人意见及申请者的技术方案等予以保密。
第十九条 科委各专业司（中心）根据专家评审或招标结果，提出对各有关专题设置及经费安排意见，经综合计划司核准后，再办理合同签订工作，所有计划项目须纳入国家科委年度科技攻关计划之中。
第四章 经费管理
第二十条 基金项目和后补助项目经费来源为国家科技三项费用，为保证一些特定重要领域能够获得较为长期稳定持久的发展，国家科委根据科技发展现状和财政支撑条件，每五年确定一定的基金和后补助资金投入比例。
第二十一条 为使基金和后补助资金不断壮大发展，形成良性循环，应多渠道积极开拓资金来源，如：争取国家专项基金拨款，争取社会集资和捐赠款，争取企业研究开发投入资金等。
第二十二条 基金项目以拨款为主，采取一次核定，分期或一次拨款方式，部分基础应用技术研究开发项目可视不同情况实行合理偿还和贷款资金运转方式。
