根据以上职能调整，国家出入境检验检疫局的主要职责是：
（一）研究拟定有关出入境卫生检疫、动植物检疫及进出口商品检验的法律、法规和政策规定的实施细则、办法和工作规程，督促检查出入境检验检疫机构贯彻执行。
（二）组织实施出入境检验检疫、鉴定和监督管理；负责国家实行进口许可制度的民用商品入境验证管理；组织进出口商品检验检疫的前期监督和后续管理。
（三）组织实施出入境卫生检疫、传染病监测和卫生监督；组织实施出入境动植物检疫和监督管理；负责进出口食品卫生、质量的检验、监督和管理工作。
（四）组织实施进出口商品法定检验；组织管理进出口商品鉴定和外商投资财产鉴定；审查批准法定检验商品的免验和组织办理复验。
（五）组织对进出口食品及其生产单位的卫生注册登记及对外注册管理；管理出入境检验检疫标志、进口安全质量许可、出口质量许可并负责监督检查；管理和组织实施与进出口有关的质量认证认可工作。
（六）负责涉外检验检疫和鉴定机构（含中外合资、合作的检验、鉴定机构）的审核认可并依法进行监督。
（七）负责商品普惠制原产地证和一般原产地证的签证管理。
（八）负责管理出入境检验检疫业务的统计工作和国外疫情的收集、分析、整理，提供信息指导和咨询服务。
（九）拟定出入境检验检疫科技发展规划；组织有关科研和技术引进工作；收集和提供检验检疫技术情报。
（十）垂直管理出入境检验检疫机构。
（十一）开展有关的国际合作与技术交流，按规定承担技术性贸易壁垒和检疫协议的实施工作，执行有关协议。
（十二）承办国务院及海关总署交办的其他事项。
三、内设机构
根据上述职责，国家出入境检验检疫局设９个职能司（室）：
（一）办公室
协调局机关日常工作，组织重要会议，起草重要文件，负责机要、保密、文印、档案和秘书事务；负责机关行政事务；负责信息和宣传工作。
（二）法规与综合业务司
承办研究拟定有关检验检疫法律、法规和政策规定的实施细则、办法和工作规程的工作，组织政策研究；承办并指导行政执法、行政复议和行政应诉工作；拟定出入境检验检疫证书签证管理办法；管理普惠制原产地证和一般原产地证签证工作；管理出入境检验检疫业务统计工作。
（三）卫生监管司
研究拟定出入境卫生检疫和进出口食品卫生监督检验的规章、制度；组织实施出入境卫生检疫、传染病监测和卫生监督；收集国外有关传染病的疫情信息；组织实施进出口食品卫生、质量检验和监督管理，管理进出口食品卫生注册登记。
