第七条 企业所得税检查的选案、实施和审理终结职能应当适当分离。
第八条 国家税务局和地方税务局应按企业所得税征收管理职责范围划分检查权限。企业所得税检查原则上由企业经营管理所在地主管税务机关组织实施；企业所得税检查权发生争议的，由有关税务机关本着有利检查的原则协商确定；协商未能取得一致意见的，报上级税务机关裁定。
第二章 规划选案
第九条 税务机关应制定企业所得税检查计划。企业所得税日常检查计划由主管税务机关制定，专项检查计划由上级税务机关制定。
第十条 企业所得税日常检查是企业所得税检查工作的重点，企业所得税日常检查对象的确定，要逐步实现以规定指标和项目由计算机处理分析选案为主，以随机抽样为辅。为提高企业所得税日常检查工作质量，各地应逐步建立企业所得税申报的计算机处理分析系统，采用科学的综合性指标进行选案。税务机关应根据计算机储存的数据信息，计算出企业所得税申报纳税的有关逻辑性、趋势性和合理性指标，以相关指标的重要性为权数，建立企业所得税日常检查选案的计分系统。有关分值标准要逐步建立完善，实现专业化管理，不断研究、修正，对分值标准要建立保密制度，要实行档案化管理。
第十一条 对暂不具备计算机处理分析选案条件的地区，可继续采用人工归集分析方法确定企业所得税日常检查的对象。采用人工归集分析方法选案，负责选案的人员应具备一定的企业所得税征收管理工作经验。
第十二条 企业所得税专项检查是企业所得税日常检查的必要补充。企业所得税专项检查应根据以前年度企业所得税汇算清缴和日常检查中反映的问题，根据企业所得税政策法规变化的情况，通过有针对性的调查研究，确定专项检查的范围、对象和内容。
第十三条 税务机关在确定年度企业所得税检查工作计划时，要根据检查人员配备情况，综合考虑企业所得税日常检查和专项检查，企业所得税检查和其他税种的检查的工作量。对纳税人同一纳税年度的企业所得税检查，原则上不得重复进行；对重点税源大户和上市股份公司可每个纳税年度检查一次；对其他纳税人每三个纳税年度至少检查一次。
第三章 组织实施
第十四条 主管税务机关要统一调配力量组织实施企业所得税检查，将参加检查的人员划分为若干检查小组，把检查任务具体落实到检查小组，每个检查小组至少由２个以上检查人员组成。
