5、卫生事业单位要以“精简、高效”为原则，按照规定合理设置内设机构。内设机构不要求统一，不要求上下对口，对职能相近相似、工作量不足的要精简合并。医疗机构可根据医疗任务需求，自行设置业务科室。
6、卫生事业单位实行并完善院（站、所）长负责制。要建立和完善任期目标责任制，明确院（站、所）长的责、权、利。要充分发挥党组织的政治核心和监督保证作用，依靠职代会实行民主管理和民主监督，建立有效的监督保障机制。实行产权制度改革的试点单位，经批准可探索试行理事会（董事会）决策制、监事会监管制等新型管理制度。要严格执行离任审计制度。
7、积极推进卫生事业单位后勤社会化的改革，实行适合卫生事业单位工作需要的后勤管理模式。具备条件的后勤部门应从单位中剥离出去，成为面向社会的独立经济实体。暂不具备条件的后勤部门要实行单独核算、自收自支、自负盈亏。在医疗机构相对集中的大、中城市，多家医院的后勤部门可联合组成后勤服务集团。
三、改革卫生事业单位的用人制度
8、实行聘用制。按照公开招聘、择优聘用、平等自愿、协商一致的原则，单位与职工通过签订聘用合同，明确单位与被聘人员的责、权、利，保证双方的合法权益。根据各类不同人员的特点实行相应的聘用办法，打破行政职务、专业技术职务终身制，实行由身份管理向岗位管理的转变。在聘用人员中，对优秀人才和技术骨干可采用不同的聘用办法，实行不同的聘期，给予较高的聘用待遇，相对稳定一批技术骨干。还可根据工作需要采取专职与兼职相结合的方式，聘用部分兼职技术骨干。医疗机构要根据医疗工作的特点，制定兼职管理规定，加强对兼职人员的管理。
9、卫生事业单位要进行科学合理的岗位设置。岗位设置要坚持按需设岗、精简高效的原则，充分考虑社会的需求、单位的发展、人才结构和人才培养等多种因素。可根据工作需要，确定一部分关键岗位。要明确岗位责任、任职条件、聘用期限，做到职责明确，权限清晰，条件合理。根据主管部门制定的岗位设置原则及专业技术职务结构比例要求，依据自身承担的任务，自主决定高、中、初级专业技术岗位的设置。同一单位各个科室结构比例不要强求统一，岗位设置要有利于学科的发展及社会对卫生服务的需求。
10、改革卫生事业单位领导人员管理制度。在坚持党管干部原则和严格干部管理权限的前提下，引入竞争机制，改革单一的委任制，区别不同情况分别实行聘任、选任、委任、考任等多种选拔任用方式。建立健全任期目标责任制，加强对任期目标完成情况的考核，并将考核结果与任用、奖惩挂钩。
