五、口岸海关应严格按照《许可证电子数据核销管理操作规程》（署监〔１９９８〕３２７号）的规定，重点对许可证中“进（出）口商”、“商品名称（含代码）”、“数量”、“国别”、“贸易方式”、“有效期”、“报关口岸”进行核查。在许可证以上项目内容与电子数据一致无误的情况下方可放行。
六、海关应在许可证正本背面规定的签注栏内对每次核销（放行）数量做清晰、准确的签注并加盖海关核销章。签注数量应与反馈的核销（放行）数量的电子数据相一致，核销（放行）时使用的计量单位应与许可证使用的计量单位相一致。如海关签注后因故退关或签注发生更改，海关应在签注栏注明并在更改处加盖海关核销章，同时应对电子数据作相应修改。
七、在目前各发证机构还无法通过网络核查海关核销（放行）数量的电子数据的情况下，各发证机构在办理退证时，以口岸海关在许可证纸面证书背面签注栏内所记录的核销（放行）数量为凭证。凡签注不清或未加盖海关核销章及有其它疑问的不得办理退、换证，应与外经贸部配额许可证事务局联系。
八、验核进出口许可证与报关单填报内容时，对经营单位及贸易方式栏目的审核按以下原则掌握：
（一）进口货物报关单经营单位应与进口许可证上的进口商或收货人一致。
（二）出口货物报关单经营单位应与出口许可证上的出口商或发货人一致。对还贷或补偿贸易方式下的代理出口企业，代理外资企业出口的外贸企业，国家组织统一联合经营的商品玉米、大米、大豆、棉花、原油、成品油、煤炭、钨类、锑类的出口企业，报关单填报的经营单位也可以是许可证备注栏内注明的企业。
（三）由于许可证备注栏电子数据内容暂不能传至海关，海关核销及验放以许可证纸面证书备注栏内容为准。
（四）许可证备注栏内不允许手工签注，如有涂改或手写内容，海关均视为无效许可证，并上报海关总署政策法规司和外经贸部配额许可证事务局。
（五）“非一批一证”的进出口许可证，可在同一口岸多次报关，但最多不能超过十二次。
（六）报关单上的贸易方式是海关的监管方式，海关在审核时不与许可证上的贸易方式核对，但应按海关的有关规定办理。
九、为确保进出口许可证联网核销制度的实施，外经贸部与海关总署开通了热线联系电话，各口岸现场海关在通关业务中和各企业在报送中遇到的问题，可随时通过热线联系电话寻求解决和咨询（联系电话及联系人见附件）。
