为改造危房而开展的农村教育集资，应严格按照中央有关精神和规定的程序报批，不得借此向农民乱收费和摊派各种费用。
三、为加强对“工程”的领导和管理，成立由教育部、国家计委、财政部有关负责同志组成的“工程”部际协调小组，协调决定工程中的重大问题。协调小组下设办公室，具体负责“工程”建设项目的实施管理和检查评估工作。办公室由教育部、国家计委、财政部有关同志组成。各地区也应成立相应的机构，负责“工程”的领导和管理。
四、实施“工程”之前，各省（自治区、直辖市）和计划单列市教育行政部门要会同财政、计划、人事、编制等部门，制定中小学校布局调整规划。规划应根据覆盖人口数、服务半径、经济水平、地理环境和教育中长期发展的需求及农村城镇化建设规划，周密测算。对农村分散的教学点，能够撤并的要尽可能撤并；有条件的，可结合“工程”的实施建设一批寄宿制学校。不在学校布局规划内的危房应坚决拆除。凡未做好中小学布局调整规划的省（自治区、直辖市）和计划单列市，中央不拨付“工程”专款。
各地区要在中小学布局调整规划的基础上，对按规划需要改造的中小学危房进行一次彻底排查、核实，以此为依据制定中小学危房改造规划。纳入“工程”的项目要落实到学校。
五、“工程”实行项目管理，由项目学校按照规定的文本格式和程序，将项目申请报告上报省级有关主管部门后再统一上报“工程”部际协调小组办公室。项目学校所在的县要设立“工程”资金专户，资金封闭运行，根据“工程”进度拨款。中央专款和地方配套资金必须保证全部用于“工程”项目建设，严禁将“工程”专款用于清偿以前中小学校建设欠债或挪作他用。对克扣、挪用“工程”资金的现象，要严肃查处，并追究有关人员的责任。“工程”在选择１至２个省（自治区）先行试点的基础上，再逐步推开。
六、改造、重建的校舍，应本着“牢固、实用、够用、方便学生”的原则进行建设，严禁搞脱离当地实际的建设；工程建设实行质量目标责任制，责任落实到人。要做好科学规划、地质勘探和设计工作，确保施工质量。改造后的校舍最低使用寿命须在５０年以上。
彻底消除中小学危房是一项长期工作任务。通过“工程”的实施，各地区应建立起消除中小学危房的工作制度。要对中小学校舍状况检查、危房修缮和改造、事故认定以及相应的资金安排等作出具体规定，明确责任，逐步形成一个消除中小学危房的有效机制。“工程”完成后，再出现新的危房问题，由地方各级人民政府统筹解决。
