根据《
国务院关于整顿和规范市场经济秩序的决定》（国发[2001]11号）要求，保健食品专项整治工作要坚持“地方政府负责，部门协调指导”的工作方针，突出省级地方政府和各有关部门的责任，明确各部门分工，各尽其职、各司其责，并加强协调与配合。要按照以下要求开展工作：
（一）明确职责分工，形成联合整治的合力
1、各级卫生行政部门牵头负责本地区保健食品专项整治工作的组织、协调工作，负责整顿保健食品生产企业、流通经营企业和查禁无证无照生产经营行为。
2、经贸部门负责推进连锁经营、物流配送等新型流通方式，加强保健食品行业管理。
3、工商行政管理部门要依法做好保健食品企业的注册登记工作，依法查处无证照经营行为；加强对经营假冒保健食品和假冒、仿冒保健食品标识、标志、商标及特有名称包装装潢以及对保健食品进行虚假宣传等不正当竞争行为的整治力度，打击扰乱保健食品市场秩序的行为。
4、药监部门负责协助做好食品中禁止添加的违禁药品的监督管理，协助做好保健食品中违禁药品的检验工作。
（二）加强组织领导，落实工作责任
各部门的主要领导要真正负起责任，认真研究落实保健食品专项整治工作，把各项工作任务落实到具体的机构和个人，实行严格的责任制度。要加大人力、物力、财力的投入，确保工作的顺利开展。
（三）加大工作力度，狠抓大案要案
各地要加大对食品生产经营的监督和处罚力度，依法严厉查处违法行为，狠抓一批影响恶劣、社会反映强烈、严重扰乱保健食品市场经济秩序的大案要案，对触犯刑律的，要坚决按照有关规定移送公安、司法机关处理。
（四）加强督查工作，强化责任追究
上级部门要加大对下级部门开展专项整治中重大案件查处的督办工作力度，确保联合行动取得实效。各地区、各部门要制定相应的制度，组建督查队伍和信息沟通网络，使工作做到件件有着落、事事有结果。要严格按照工作目标，逐一将管理责任落实到执法机构和个人，并实现严格的责任追究制。对工作不负责任、措施不力、执法不严、责任不落实、消极应付甚至失职渎职的机构和个人要依法依纪追究管理责任和领导责任。
（五）严格按照确定的重点开展专项整治工作
保健食品专项整治工作的科学性和政策性较强，在制止食品夸大宣传工作中，要科学地界定夸大宣传与营养知识、传统保健常识宣传的区别；在对重点产品进行整治工作中，要将非传统食品形态的定型包装食品列为整治重点。
（六）加大新闻宣传工作力度
