要划定国家重点生物多样性保护区。对生物多样性丰富和生态系统多样化的地区、稀有濒危物种自然分布的地区、物种多样性受到严重威胁的地区、既有独特的多样性生态系统的地区、以及跨地区生物多样性重点地区，建设部和各地园林绿化行政主管部门要将其列入重点生物多样性保护区，严格保护其系统内生物的繁衍与进化，维持系统内的物质能量流动与生态过程。各省市要采取切实措施，确定保护范围、健全保护机构、制定保护法规，促进重点地区、重点区域的生物多样性保护管理工作。
三、突出重点，做好生物多样性保护管理工作
生物多样性保护工作主要是保护生态系统的多样性、物种的多样性和遗传基因的多样性。
各地要结合本地的实际情况，突出做好就地保护、移地保护工作，积极进行优良的园林绿化材料的遗传驯化，加强和促进本地乡土物种的保护和合理利用。要按国务院《
城市绿化条例》“苗圃面积占建城区面积的2％”的规定，加快苗圃、花圃、草圃建设，尤其是要注重加强大苗培育基地建设，加强乡土树种的保护培育，引进培育适宜树种，丰富植物物种多样性。
要注重和加强珍稀濒危物种的移地保护。全面贯彻执行《
城市古树名木保护管理办法》，对古树名木要普查建档，划定保护范围，落实责任单位，落实责任人，落实养护管理资金。对城市现有的绿地和树木实施就地保护。凡大批量的大树迁移和大规模的树木抚育更新的，要组织专家论证签署意见，并经省级园林绿化行政主管部门批准。
对公共绿地、居住区绿地、道路绿化、风景林地、单位附属绿地、防护绿地建设，要加强植物配置设计的审批，合理界定植物品种的数量，丰富植物物种。要按照《道路绿化设计规范》的规定，进行道路绿化的规划建设，每条主干道都要按规定建设绿地游园，各城市都要建设园林景观路。
加快动物园、植物园等建设，充分发挥公园在生物多样性研究和保护中的重要作用。到2005年每个市辖区、县都要有公园。2010年争取在建成区的主要街区建有一座公园。注重发挥公园在生物多样性方面的科普教育阵地的作用，不断提高公众的生物多样性保护的意识。
四、切实加强生物多样性保护管理工作的领导
加强城市生物多样性保护工作是各级建设（园林）部门的重要职责。国务院批准的建设部“三定方案”规定了建设部指导城市规划区内生物多样性保护工作的管理职能。2001年5月，国务院发布的《
国务院关于加强城市绿化建设的通知》也明确提出，“要加强城市绿地系统生物多样性的研究，特别要加强区域性物种保护与开发的研究”。
