至2010年，在2000年全国实际超采量的基础上，压缩80%以上的超采量，全面遏制地下水超采的趋势，地下水资源得到有效保护，并使因超采地下水引发的生态与环境灾害得到有效控制，形成较完善的地下水超采区水资源管理体制和地下水动态监测体系。
至2020年，全面实现采补平衡，消除地下水超采现象，进一步采取强化管理和涵养水源等调控措施，使地下水水位逐渐回升，因长期不合理开发利用地下水产生的地下水水位漏斗面积逐步缩小，地下水资源得到合理开发、高效利用和有效保护，并使因超采地下水引发的生态与环境灾害得到有效治理，生态环境明显改善。
四、主要任务
（一）划定地下水超采区。2003年底前，省级人民政府水行政主管部门应会同有关部门划定地下水超采区。对严重超采地区，应划定地下水禁止开采区或限制开采区。地下水超采区由省级人民政府批准并公告。
对跨省、自治区、直辖市的地下水超采区，由水利部或委托流域管理机构组织相关省、自治区、直辖市人民政府水行政主管部门划定，分别报相关省、自治区、直辖市人民政府批准后，由水利部统一公告。
（二）制定地下水超采区治理规划。省级人民政府水行政主管部门应按照水资源综合规划总体要求，对本行政区域地下水资源及其开发利用现状进行科学评价，组织制定地下水超采区治理规划；结合产业结构调整和水资源条件，提出各个时期超采区水资源调控方案，合理调整地下水开采布局，确定超采区管理目标和治理措施。地下水超采区治理规划应于2004年底前编制完成，经流域管理机构组织审核后，报省级人民政府批准组织实施。跨省区的地下水超采区治理规划由流域管理机构组织编制，报水利部批准组织实施。
（三）启动地下水保护行动计划。根据地下水超采区治理规划确定的治理目标，2005年，各级地方人民政府应以地下水严重超采地区为重点，启动地下水保护行动计划，组织开展地下水超采区专项治理，使主要地下水超采区的生态状况得到改善。在此之前，省级人民政府水行政主管部门可先行选择部分地下水严重超采地区或地下水超采严重的城市，开展地下水保护行动试点。通过节水、治污，增加污水处理回用量，合理开发利用地表水，充分利用雨洪资源，适当采取跨流域调水等措施，实行地表水、地下水统一调度，逐年压缩和调整地下水开采量。对地下水饮用水源地和主要供水水源地要建立水源保护区，防止水源枯竭和水体污染。对城市深层地下水超采区应提出积极的回灌措施。
（四）严格地下水超采区取水许可管理。禁止开采区内应严格禁止工业、农业和服务业新建、改建、扩建的建设项目取用地下水；已建地下水取水工程应结合地表水等替代水源工程建设，按照治理目标限期封闭。限制开采区内新建、改建、扩建的建设项目，要按照《
建设项目水资源论证管理办法》，进行严格的水资源论证，避免高耗水建设项目取用地下水；限制开采区内已有的地下水取水工程，要根据水源替代工程建设情况、水资源条件、节水潜力，逐步削减取水量。从2003年起，各级水行政主管部门要对取用水户的取用水逐步实行总量控制和定额管理，制定年度开采指标，逐年压缩地下水开采量，加强取用水户用水计量和供用水统计，对用水户的用水过程要加强年审等监督管理措施。加强地下水自备水源的监督管理。
