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省和市（地）级卫生部门根据工作需要，在市（地）、县（市）、乡（镇）开展公共卫生工作所需经费，由同级财政安排经费补助。省级财政承担购买全省计划免疫疫苗和相关的运输费用。
中央财政通过专项转移支付对困难地区涉及面广、危害严重的重大传染病、地方病和职业病等的预防控制项目给予补助。
村卫生室、民办卫生机构或乡村医生、个体医生承担预防保健任务所需经费，由乡（镇）卫生院等按其承担的具体任务核定。
（二）乡（镇）卫生院医疗服务经费
乡（镇）卫生院医疗服务原则上通过医疗服务收入进行补偿。对乡（镇）卫生院开展基本医疗服务所需的必要经费，由县级财政根据医疗服务工作需要予以核定。
按规定条件和程序招聘的乡（镇）卫生院院长的工资按国家有关规定标准核定，其医疗保险单位缴费按当地职工基本医疗保险制度规定的标准核定，由县级财政预算安排。
事业单位职工基本养老保险制度建立以前，乡（镇）卫生院原全民和集体所有制离退休人员的离退休费按国家有关规定和标准核定，由县级财政预算安排，并逐步实行集中支付。
（三）农村卫生事业发展建设资金
农村卫生机构的建设应与当地人口、经济发展水平相适应。要根据区域卫生规划要求，合理确定政府举办卫生机构的数量、规模和布局，加大对农村卫生基础建设的投入力度，到2010年基本完成县级医院、预防保健机构和乡（镇）卫生院房屋设备的改造和建设任务，保证开展公共卫生和基本医疗服务所需的基础设施和条件。
政府举办的县乡两级卫生基础设施建设投资主要由县级计划部门按基建程序审核批准后，列入年度投资计划，其他卫生基础设施建设按规定纳入国家基本建设程序管理。
乡（镇）卫生院的基础设施修缮、设备更新购置、人才培养等项目支出，要根据当地经济发展水平、卫生事业发展总体规划等情况，经论证后合理确定，列入同级财政预算，逐年安排。
中央和省级财政通过设立专项资金对贫困地区农村卫生机构基础设施建设和设备购置等给予补助。
（四）农村合作医疗补助经费
县级财政按实际参加合作医疗人数和补助定额对合作医疗给予资助，并按参加合作医疗人数及工作任务量等因素合理安排合作医疗经办机构的人员经费和工作经费。
县级财政根据实际需要和财力情况安排资金，对农村五保户和贫困农民家庭实行医疗救助，可以直接用于贫困农民家庭大病医疗费用的的补助，也可以用于资助其参加新型农村合作医疗制度。
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