第五条 科技部成立奶业专项管理办公室，由科技部农社司、农业部科教司等有关司局及农村中心的有关人员组成，办公室设在农社司，日常事务管理工作委托农村中心组织。专项管理办公室负责项目的组织实施、监督、检查、考核、验收等工作。
第六条 成立奶业专项总体专家组，由5-7名不同部门和领域的技术、经济、管理、企业等方面的专家组成。总体专家组的职责是协助专项管理办公室开展项目的实施管理工作，负责专项的技术指导与技术咨询，根据专项管理办公室的安排，参加项目的论证、评审、考核、监督、验收等。
第七条 课题主管部门的职责
（一）负责课题的管理与协调，定期检查课题具体执行情况，督促课题组按计划完成研究任务；
（二）按计划任务书规定落实配套经费，监督经费合理使用；
（三）协助项目管理办公室督促课题承担单位按要求汇总、上报课题年度执行情况报告及有关信息报表。
（四）产业化示范课题所在省成立由省（市、区）政府、科技厅及相关部门组成的课题协调领导小组，由科技厅牵头成立课题管理办公室，建立主管部门、企业与技术依托单位经常沟通的机制。
第八条 课题承担单位的职责
（一）主持单位负责课题任务和经费的落实、人员的组织配备、执行情况的检查和汇总，以及成果的示范、推广和宣传。各课题承担单位必须严格遵守课题任务书条款，认真履行任务书规定的义务，按期完成各项研究任务，实现课题预定目标。
（二）及时报告课题执行中出现的重大问题，接受项目管理办公室、主管部门的监督检查和管理；
（三）按要求编报课题年度执行情况和有关信息报表，提交课题验收的全部文件资料，进行档案归档和成果登记；
（四）对课题执行中产生的知识产权与技术成果进行积极有效管理和保护，努力促进科技成果的转化。
第九条 课题内部建立研讨与协商制度，加强企业、科研院所、大专院校的有机结合，定期沟通，及时研究解决课题实施中的问题。产业化示范课题要充分尊重主管部门的意见，及时向主管部门汇报课题进展及课题实施中出现的重大问题。
第三章 检查、考核
第十条 奶业专项课题管理实行年度汇报制。要求各课题在每年10月底以前将课题年度执行情况和下一年度计划以打印文稿和电子文本两种形式报送专项管理办公室。各课题还应不定期向专项管理办公室汇报课题取得的重大突破和遇到的重大问题。
