通过部委科技司申报的项目，不占用所在省、自治区、直辖市、计划单列市科委的控制指标。
第十二条 国家科委火炬办聘请各相关技术领域、归口管理部门和金融方面的专家组成“国家级火炬计划项目专家认定委员会”，对申请认定项目进行审查、提出认定意见。
第十三条 国家科委火炬办根据各省、自治区、直辖市、计划单列市科委及部委科技司的立项基数及项目排序，并参照“专家委员会”的认定意见，提出当年国家级火炬计划项目的立项建议，再由国家科委综合计划司综合平衡，并经委领导批准后，由国家科委下达国家级火炬项目年度计划。
第十四条 为鼓励各地申报火炬计划项目的积极性和国家对火炬计划的宏观指导，国家科委对于选项准确、评审认真、重点突出的省、自治区、直辖市、计划单列市科委可以超基数下达国家级项目；对于不符合国家级火炬计划立项标准的申请认定项目，亦可低于基数下达国家级项目。
第十五条 国家科委对技术水平高、市场前景好、运行机制先进、能促进或带动一个产业发展，并能形成较大经济规模的典型项目，将在立项、资金、信息、市场以及国际合作等方面给予重点支持，以提高火炬计划对发展国民经济的显示作用。
第五章 跟踪管理
第十六条 项目承担单位在收到国家级火炬项目计划正式通知后，要严格按照火炬计划和银行的有关规定，认真组织项目的实施。凡立项后不按有关规定向省、自治区、直辖市、计划单列市科委汇报，或两年内不能正常执行的项目，将被取消其国家级火炬计划项目的资格。
第十七条 国家级火炬计划项目统一纳入省、自治区、直辖市、计划单列市科委的管理渠道，其经常性的跟踪管理工作主要由各省、自治区、直辖市、计划单列市科委负责，承担单位的上级主管部门要积极支持和监督项目的实施。
第十八条 各省、自治区、直辖市、计划单列市科委应于每年3月将上一年《火炬计划统计报表》报国家科委火炬办。国家科委火炬办将组织有关人员对火炬计划项目，特别是重点项目的执行情况进行考察，协助解决有关问题。
第六章 资金管理
第十九条 各省、自治区、直辖市、计划单列市科委在接到国家科委和银行下达的当年国家级火炬项目计划和贷款额度分配通知后，要协同项目承担单位按照银行要求做好贷款落实工作。贷款利率执照银行规定计算和收取。
