第二十四条 资助经费根据批准额度逐年进行预算、审核与拨付，经费使用与管理须严格执行《
国家自然科学基金项目资助经费管理办法》。
第二十五条 项目实施过程中，项目负责人每年须撰写项目年度进展报告。项目依托单位负责监督、检查项目实施情况、审核项目年度进展报告，于次年1月15日前报送对口科学部。
第二十六条 科学处审查项目年度进展报告，核准下一年度的经费预算。对未按时报送项目年度进展报告、未认真开展研究工作或项目经费使用不当的项目，缓拨下一年度的经费并要求项目负责人予以纠正。对7月15日前补报、纠正的项目，经科学处审核后解除缓拨。
第二十七条 科学部每年应有计划、有重点地检查资助项目执行情况，或商请自然科学基金委相关部门共同检查。
第二十八条 实行项目负责人重要事项申报制度。涉及研究目标、研究内容、计划期限、预算以及中止研究工作等重要变动时，项目负责人经项目依托单位提出报告，报对口科学部审批。
第二十九条 因客观原因不能在规定期限内完成研究计划的项目，一般允许延期一次，期限不超过两年，但须在项目原执行期结束前两个月提出申请，由项目依托单位签署意见，报对口科学部审批。批准延期的项目仍须报项目年度进展报告。
第三十条 项目依托单位应保证项目负责人和项目组主要成员的稳定，确需变更的，须在三个月内按下述规定提出变更申请，报对口科学部审批。
（一）项目负责人工作单位变更时，由项目负责人提出报告，可将其负责的项目依托于调入单位执行，但须经调入和调出单位协商同意并出具证明。如调入单位不具备条件，项目可保留在原项目依托单位执行或更换符合条件的项目负责人。如无合适人选或因更换项目负责人明显影响项目执行时，办理中止手续。
（二）项目负责人一般不得代理或更换。遇有特殊情况（如出国、病休等）离开该项目研究一年以内的，项目负责人须安排合适人选代理，并报项目依托单位及对口科学部备案；擅自离岗及离岗超过一年的，须更换合适的项目负责人，由项目依托单位专报对口科学部审批。如无合适人选更换，办理中止手续。
（三）青年科学基金项目负责人不得代理或更换。离岗半年以上、一年以内的，项目负责人须报项目依托单位和对口科学部备案；超过一年的，项目依托单位应专报对口科学部办理中止手续。
