第四条 重大项目研究期限为四至五年。自然科学基金委鼓励开展高等学校、科研院所、产业部门的联合研究，并积极争取与有关部委、地方政府、企业联合资助重大项目。
第五条 重大项目的组织以国家基础研究发展纲要和中长期规划为指导，注意与国家重点基础研究发展规划项目等国家其他科技计划的协调与衔接，重视发挥国家科学中心、国家工程中心、重大科学工程、国家重点实验室等重要研究基地的作用。
第六条 重大项目按统一规划，分批立项；指南引导，定向申请；同行评议，逐项论证；动态管理，专家验收等方式组织实施。
第二章 立项与申请
第七条 根据国家基础研究发展战略和自然科学基金委优先资助领域，科学部在深入研讨和广泛征求科学家意见的基础上，征询科学部专家咨询委员会的意见，提出重大项目立项领域建议。
第八条 科学部重大项目的立项领域建议，须组织有关专家（包括科学部专家咨询委员会部分成员）进行差额遴选，以记名投票、超过半数通过的方式确定，并经自然科学基金委委务会议（简称为委务会议）审定批准。
第九条 跨科学部重大项目的立项领域建议应由两个以上（含两个）科学部联合提出，经委务扩大会议(由委领导、科学部兼职主任和部分科学部专家咨询委员会成员参加)差额遴选，以记名投票、超过半数通过的方式确定。项目立项的后续工作和组织实施由相关科学部组成的联合工作小组负责。
第十条 相关科学部根据委务会议或委务扩大会议的立项审批意见，撰写申请指南，送分管委主任审签。
第十一条 自然科学基金委公开向科学界发布《国家自然科学基金重大项目申请指南》，其内容包括：立项的研究领域、主要研究方向、资助经费额度和受理申请的科学部等。
第十二条 凡符合
《规定》的具有高级专业技术职务的科研人员，均可根据重大项目申请指南，通过依托单位定向提出申请。申请者(指项目、课题的申请人)及具有高级专业技术职务的项目组主要成员申请重大、重点项目的项数，限为一项。在研重大、重点项目的主持人、课题负责人及具有高级专业技术职务的项目组主要成员不得参加新的重大项目的申请。当年结题的重大、重点项目的在研人员可以提前申请，但需在该项目验收结题后方可承担新的重大项目。
