第五条 合作单位的学术委员会或专家组对申请人按照规定条件严格择优遴选，认真审核并签署推荐意见后，将申请书和附件材料(包括协议书)报送自然科学基金委对口科学部；
第二章 评审与批准
第六条 自然科学基金委对口科学部对申请材料进行形式审查，有以下情况之一者，不予继续评审：
（一）不符合申请条件；
（二）内地合作者与合作单位(依托单位)不一致者；
（三）不按规定要求编写申请书；
（四）应提供的材料不齐全。
第七条 形式审查合格后，由科学部组织专家进行同行评议。每位申请人的申请书至少要有五份专家有效评议意见(包括较详细的评议意见和表态意见)。
第八条 在同行评议基础上，科学部遴选优秀者提交专业评审组（以下简称评审组）评审，一般应请申请人或合作者到会答辩。评审组在充分讨论的基础上，以无记名投票的表决方式确定建议资助的候选人，建议资助的候选人必须获评审组成员和特邀专家到会人数二分之一以上赞成票方为有效。主审人填写评审意见，组长签名。
第九条 自然科学基金委计划局对各专业评审组推荐资助的候选人情况进行汇总并报委务会议审核后，提交评审委员会评定。香港、澳门青年学者合作研究基金获资助者必须获评审委员会委员和特邀专家到会人数三分之二以上的赞成票，方可通过。
第十条 评审委员会评审确定的香港、澳门青年学者合作研究基金获资助者名单，由评审委员会主任或副主任签署评定意见并签名，自然科学基金委予以公布。
第十一条 为保证评审工作的公正性，评审的各个环节，须严格执行《
国家自然科学基金项目管理规定》中关于回避和保密的各项规定。
第四章 实施与管理
第十二条 香港、澳门青年学者合作研究基金获资助者在接到批准通知后两个月内，根据申请时提出的研究工作设想，安排和部署研究工作，按要求撰写研究计划，经内地合作单位审核和签署意见并加盖公章后报送自然科学基金委对口科学部。
