第四十一条 预算单位需要财政直接支付时，应填写《中央基层预算单位支付申请书》(附表八[略])，逐级报主管单位审核后，由二级预算单位报送水利部。
第四十二条 支付申请经二级预算单位审核后，应报财政部驻所在地财政监察专员办事处(以下简称财政专员办)审核并签署意见。需跨省(市)报二级预算单位审核、汇总的，应在报二级预算单位审核、汇总前，经当地财政专员办审核并签署意见。预算单位应按财政部门的要求向财政专员办和其直接主管单位提供支付凭证。
第四十三条 二级预算单位与财政专员办对基层预算单位财政直接支付申请的审核意见不一致时，应与财政专员办进行协商；经协商后意见仍不一致的，签署审核意见并附说明材料报水利部，由水利部与财政部按规定确定是否支付。
第四十四条 支付申请应按支出类型(工资支出、工程采购支出、物品和服务采购支出)分别填写，一类填写一张申请书；对每一类支出要按款分项填写；专项支出要按具体项目填写。
第四十五条 水利部审核、汇总二级预算单位报送的支付申请后，按规定填制《财政直接支付汇总申请书》(附表九[略])，连同所属单位的《中央基层预算单位支付申请书》一并报财政部国库支付执行机构。
第四十六条 支付申请经财政部批准、代理银行付款后，基层预算单位应将代理银行开具的《财政直接支付入账通知书》(附表十[略])作为收到和付出款项的原始凭证。代理银行付款后出具的工资明细表作为工资支付的原始凭证。
第四十七条 水利部负责向二级预算单位提供代理银行付款后开具的《财政直接支付入账通知书》(复印件)，并由二级预算单位逐级通知直接支付项目的各级主管单位。
第四十八条 预算单位办理财政直接支付的经办人和财务负责人应相对稳定，要确定第一经办人和第二经办人；支付申请一般由第一经办人填制，第一经办人不在时，由第二经办人填制。
办理直接支付申请的单位负责人、财务负责人及经办人的签字及印章式样应报直接主管单位备案。同时二级预算单位及基层预算单位的上述资料应报水利部备案。
第二节 工资支出
第四十九条 工资支付实行财政直接支付方式，由财政部国库支付执行机构通过代理银行将工资直接支付到个人工资账户。
第五十条 工资发放实行财政直接支付的范围是水利部各级行政和事业单位中由财政拨款支付的在编人员的工资。
第五十一条 工资支付要严格执行国家规定的工资标准和有关政策。纳入财政直接支付的工资项目包括：国家统一规定的工资标准及国家统一规定的各种补贴、津贴和奖金等；中央单位按规定享受的地方政府人事部门和财政部门发布的补贴、津贴和奖金等。
第五十二条 工资直接支付时的代扣款项，是指国家政策规定必须由个人缴纳的住房公积金、医疗保险、养老保险、失业保险和依法缴纳的个人所得税等款项。国家政策规定之外应由个人缴纳的款项不列入代扣项目。住房公积金、社会保障费等按规定应由预算单位负担的部分，采用授权支付方式从预算单位零余额账户支付。
第五十三条 水利部机关行政人员的工资发放，由水利部根据编制部门和人事部门的要求，在每月20日前提供下月单位的人员编制、实有人数、工资标准、代扣款项等数据，报编制部门和人事部门审核，并通过人事部门于每月25日前将审核结论送财政部。
