第十一条 农业部“绿色食品”管理部门接到检测结果报告后按“绿色食品”标准组织审核，对达标产品由农业部颁发“绿色食品”标志证书，并公告于众。
第十二条 对检测不合格的产品允许申请单位经九十天的整顿，再次送样重新检测。重新检测合格的颁发“绿色食品”证书；对两次检测不合格者，一年内取消其申请资格；对第一次检测不合格，一百二十天内不再送样复检者视为自动放弃申请。（季节性产品除外）。
第十三条 “绿色食品”标志实行部、省、生产单位三级管理制度。部主管部门负责标志的资格审查、证书的颁发与宏观监督管理；省主管部门负责对申请“绿色食品”标志的产品及生产条件进行初审并承担日常的监督、管理工作；生产单位严格执行“绿色食品”标志管理及其它有关管理办法。
第三章 标志使用管理
第十四条 获得“绿色食品”标志的产品，其标志使用权自批准之日起三年有效。在标志有效期满前９０天内，应按本办法规定的程序提出复审申请，否则视为自动放弃“绿色食品”标志使用权。企业因生产条件、工艺、产品标准及注册商标有变化，必须及时申请复审。
第十五条 获得“绿色食品”标志的产品，在标志有效期内，应接受农业部指定的环保监测及食品监测部门的抽检。有下列情况之一者，由标志主管部门给予警告、罚款、撤销“绿色食品”标志使用权等处罚。
（一）粗制滥造、掺假、降低产品质量标准的。（包括用户确有证据，提出批量退货或出现产品质量、卫生标准事故的）
（二）经抽查不符合“绿色食品”标准或不符合本办法第十二条规定，限期整顿后无效的。
（三）将“绿色食品”标志转让其它生产销售部门使用的。
（四）违反《农业部“绿色食品”产品管理暂行办法》的规定，计划外产品擅自使用“绿色食品”标志销售的。
“绿色食品”标志的使用权被撤销后，由发证单位收回《绿色食品证书》并公告于众。
由于不可抗拒因素暂时丧失“绿色食品”生产条件的，应及时报告主管部门，暂停使用“绿色食品”标志。待条件恢复后、经主管部门检查批准，可继续使用其标志。凡不及时上报主管部门继续使用标志的由主管部门收回“绿色食品”标志证书并公告于众。
第十六条 申请企业不得一种样品送检多种产品使用标志。违者撤销“绿色食品”标志使用权，三年内不予受理申请。
第十七条 各级管理工作人员必须严格执行本办法，实事求是，不得营私舞弊，行贿受贿，违者依法处理。
第十八条 生产单位在出售产品及办理涉及“绿色食品”的产品装璜、广告、宣传时，应主动出示“绿色食品”证书。农业部指定的环保及食品监测部门进行抽检、复检时，企业应提交证书以便填写检验结论。
