不利影响主要在库区，如水库淹没、移民和城镇迁建，若处理不当，会加剧库区原已紧张的人土矛盾，可能产生新的水土流失；泥沙淤积对库尾会有影响；库区部分水域水质污染会加重；部分文物古迹被淹没，三峡自然景观会受到一定影响；对水生生物和珍稀物种也会有影响等。
三峡工程对生态与环境的影响广泛而深远，本着对人民负责和对子孙后代负责的精神，对不利影响必须予以高度重视，要采取得力措施将其降低到最小程度。结合三峡工程的建设，必须认真做好包括上游水土保持以及城乡建设、移民安置、资源开发、水质保护、环境整治等在内的库区综合规划；库区新建项目要选无污染或少污染的产业，必须切实执行在审核项目的同时也要审核环保的制度；积极治理老污染源；建立生态与环境监测网络，对生态环境实行监测、管理和研究；要制定三峡库区的环境保护办法；对文物古迹要尽可能搬迁和保护。各方面要在人力、物力、财力上给予支持，以保证各项环境保护措施的落实。
（三）人防问题
战时三峡工程大坝的安全问题，从五十年代起就进行了大量试验研究。三峡水库下游有二十公里长的峡谷河段，对溃坝洪水起约束、缓冲和消减作用，有利于减轻洪灾损失。在大坝遭突然袭击严重破坏的情况下，据溃坝模型试验，溃坝洪灾对坝下游局部地区造成的损失是严重的，但由于狭长峡谷所产生的缓冲作用，可以减轻危害，不致造成荆江两岸发生毁灭性灾害。
人防问题虽然做了很多工作，但仍需继续深入研究，采取工程防护和积极防御等综合对策措施，最大限度地减轻三峡工程可能因遭战争破坏而产生的损失。
七、对三峡工程决策的建议
综上所述，国务院三峡工程审查委员会认为，三峡工程是一项规模宏大的水利枢纽工程，在防洪、发电、航运和供水等多方面将产生巨大的综合效益，特别是对保障荆江两岸一千五百多万人民生命财产安全具有十分重要的作用。从对增强我国综合国力和为下世纪初国民经济发展打下坚实的基础来说，兴建三峡工程也是十分必要的。有关三峡工程的勘测、科研、设计和试验工作自五十年代初开始，全国有关部门和各方面人士通力合作，已持续进行了近四十年，前期工作深入，需要研究和解决的主要问题，已基本清楚，并有了对策。建设方案通过重新论证和审查，考虑和吸收了各方面的有益意见和建议，更趋完善。三峡工程的前期工作已经可以满足可行性研究阶段的要求。三峡工程建设是必要的，技术上是可行的，经济上是合理的，随着经济的发展，国力是可以负担的，当前决策兴建三峡工程的条件已经基本具备。
长江百余年来发生了五次大洪水，自一九五四年以来，已有近四十年没有发生全流域性的大水。洪水的出现有一定的周期性，在一定意义上讲，发生大洪水的威胁在不断增长。去年淮河、太湖地区遭受严重洪涝灾害，提高了全社会的水患意识，全国人民和各界人士对兴建三峡工程更为关切，增加了及早决策兴建三峡工程的紧迫感。当前我国政治稳定、经济稳定、社会稳定。现在决策兴建三峡工程，时机也是比较适宜的。
