有管辖权的环境保护行政主管部门有特殊原因不能行使管辖时，由上一级环境保护行政主管部门指定管辖。
第十二条 上级环境保护行政主管部门有权查处下级环境保护行政主管部门管辖的案件，也可以依法将自己管辖的案件移交给下级环境保护行政主管部门查处。下级环境保护行政主管部门对其管辖的案件，认为确需由上级环境保护行政主管部门查处的，可以报请上级环境保护行政主管部门决定。
第十三条 法律、法规或规章对管辖另有规定的，按另有规定执行。
第三章 调查和处罚
第十四条 环境保护行政主管部门发现违法行为后或在接到举报之日起十日内，进行初步审查，对符合下列条件的，应予立案登记：
（一）有违法行为或危害后果；
（二）依法应当或者可以给予行政处罚；
（三）属于其管辖范围；
第十五条 查处案件必须由两人或两人以上组成调查小组进行，并指定一人为负责人。
第十六条 调查人员进行调查时，应出示证件，表明身份，详细询问当事人、主管人员和证人。制作的询问笔录，应由被询问人签名，被询问人拒绝签名的，应在笔录中说明。制作的监测结果报告，应有监测人员的签名和监测单位的印章。
第十七条 调查小组在对违法行为人的主要违法事实、造成或者可能造成的损害程度和责任者的违法情节进行调查和核实，取得必要的证据之后，写出调查报告，提出行政处罚意见。
第十八条 各级环境保护行政主管部门应组成三人或三人以上单数的审议小组对行政处罚意见进行如下审议：
（一）事实是否清楚；
（二）证据是否确凿；
（三）查处程序是否合法；
（四）适用法律、法规是否正确；
（五）处罚内容是否适当。
第十九条 经过审议确认应给予处罚的，由环境保护行政主管部门的法定代表人签发《环境保护行政处罚决定书》（发下简称处罚决定）。
经过审议认为应报经上级环境保护行政主管部门批准的，应向上级环境保护行政主管部门写出书面报告，并附有关材料，经批淮后，方可下达处罚决定。
经过审议认为应由人民政府进行处罚的，应在提出处罚意见之后，将全部资料移交给人民政府。
