各省、自治区、直辖市环境保护部门按照“谁开发谁保护，谁破坏谁恢复，谁受益谁补偿”的方针，积极探索生态环境补偿机制。加强对生态破坏恢复治理的监督检查，重点加强对矿产资源开发生态破坏的监督管理，在“全国矿山开发生态环境破坏与重建调查”的基础上，结合本地实际，确定重点恢复治理区，实行生态破坏限期治理。
三、履行综合管理职责，推动自然保护区建设
认真执行《
自然保护区条例》，结合本地区的实际，抓紧制定自然保护区管理的各项具体规章制度和标准；依法组织对各类自然保护区的监督检查，坚决取缔各种破坏自然资源和环境的非法开发建设活动，制止非法侵占自然保护区土地的行为，配合有关部门打击乱砍滥挖、乱捕滥猎和非法经营珍稀野生动、植物的违法行为。
为实现到本世纪末自然保护区面积占国土面积10％，建立布局合理，类型齐全，法治和管理较为完善的自然保护区网络的目标，各级环境保护部门根据《全国自然保护区发展规划纲要》的要求，会同有关部门加快拟定本地区自然保护区发展规划，并报同级政府批准实施。
充分行使自然保护区的综合管理职能，抓紧建立自然保护区评审和管理机构，完善自然保护区评审制度，做好自然保护区建立、晋升、勘界的论证审查及协调工作，为政府决策提供科学可行的建议。
加强对自然保护区管理的监督和指导。各级环境保护部门通过建立目标责任制、实施定量考核等措施，推进自然保护区的建设与管理；会同有关部门解决好自然保护区的管理机构、编制、人员、土地权属、经费渠道等困难；在做好保护工作的前提下，探索自然保护区合理利用资源，开展科普教育、生态旅游等活动，走逐步发展的道路，发挥多功能的示范作用。
各级环境保护部门要努力管理好所辖的自然保护区，及时总结和推广行之有效的管理经验，使之发挥示范作用。近期重点抓好国家级自然保护区总体规划的编制，做到“一区一法”。争取计划、财政部门的支持，提高自然保护区建设质量和管理水平。
四、建设生态示范区，促进生态保护，防治农村面源污染
按照“九五”期间全国要抓好100个生态示范区建设试点的总体部署，各省、自治区、直辖市环境保护部门应加强对本地区国家级生态示范区建设试点的监督和管理，同时，结合本地区特点，开展省级生态示范区建设试点工作，组织制定生态乡(镇)、村标准。各试点地区环境保护部门要在当地政府的统一领导下，积极组织和督促生态示范区建设规划的编制和实施。
