农村水电项目初步设计由项目法人按规定向县级以上人民政府水行政主管部门申报审批。各地水行政主管部门要明确初步设计分级审批权限和具体要求。对不符合规定要求和达不到初步设计深度的，一律不得审批。
经批准的初步设计和符合防洪要求的规划同意书、工程建设方案审批文件、水资源论证报告书批复意见、取水许可批准文件、水土保持方案审批文件，是农村水电项目核准前在水行政主管部门必须办理的许可手续。
已经审查或审批的农村水电项目，任何个人和单位不得擅自变更建设规模和内容。凡涉及工程布置、建设规模、水电站大坝及溢洪设施、主要设备等重大设计的变更，由原设计单位提出变更设计文件，经原审查审批部门复审同意后，方可实施。
为制止边设计、边施工，杜绝无序开发，凡未经水行政主管部门技术审查的农村水电项目，不得申报审批或核准，更不得开工建设。对违反规定造成严重后果的，要追究责任。
三、建立和落实环境影响评价预审制度
为促进农村水电建设与环境的协调发展，坚持在保护生态基础上有序开发水电，根据《
环境影响评价法》和《
建设项目环境保护管理条例》，县级以上人民政府水行政主管部门要按照河道管理权限，建立和落实农村水电建设项目环境影响评价预审制度。
农村水电建设项目应按规定编制并报批环境影响报告书。对处于非环境敏感区和单机装机容量小于1000千瓦的农村水电建设项目，可只编制环境影响报告表。
项目法人向水行政主管部门申请环境影响评价预审，应当按规定提交建设项目环境影响报告书（表）。水行政主管部门自收到环境影响报告书之日起20个工作日内，收到环境影响报告表15个工作日内，提出同意或者不同意的预审意见。
项目法人在取得环境影响评价预审意见后，即可按有关规定报环境保护行政主管部门审批。
农村水电建设项目环境影响报告书（表）经批准后，项目的性质、规模、地点、采用的施工工艺发生重大变动或者超过5年后开工建设的，应当重新办理预审手续。
四、贯彻落实取水许可制度和水资源论证制度
根据《
取水许可和水资源费征收管理条例》（国务院460号令）要求，农村水电建设项目的项目法人，应当向有审批权的水行政主管部门提出取水申请，并提交经审定的由具备建设项目水资源论证资质的单位编制的建设项目水资源论证报告书。论证报告书应当包括取水水源、用水合理性以及对生态与环境的影响等内容。
