国内水路集运转国外出口的货物，发货人在办理托运时向起运的征收港口提供有关证明后，可不征国内出口货物港口建设费，由出口港计征国外出口货物港口建设费。起运港应将接受的有关证明随同运单送交到达港备查。货物运抵到达港后因故不向国外出口时，收货人或其代理人应主动向到达港补缴起运港的国内出口货物港口建设费；否则，到达港根据《征收办法》第十二条的规定，除向收货人或代理人追缴费款外，还可酌情处以应缴费款五倍以下的罚款。
第九条 国内海、江、河联运的货物，起运港或换装港是征收港口的，由起运港按每张运单的货物向发货人计征一次港口建设费。
第十条 国内水转水运输的中转货物，凡未提离港口库场，直接办理装船转运的（在不同作业区进行中转装卸作业的，要凭卸货作业区的证明），以及船过船作业的，全程运输中起运港或中转港是征收港口的，由第一个征收港口计征港口建设费。
第十一条 水陆联运货物，经由的起运港或换装港属于征收港口的，按以下规定计征一次港口建设费。
一、从铁路起运转水路（铁－水）的联运货物，换装港是征收港口的，海港由到达港向收货人计征，长江港口由换装港向收货人计征。
二、从铁路起运转水路再转铁路（铁－水－铁）的联运货物，换装港是征收港口的，由第一换装港向发货人计征。
三、从水路起运转铁路（水－铁）的联运货物，起运港是征收港口的，由起运港计征。
四、从水路起运转铁路再转水路（水－铁－水）的联运货物，起运港或第二个换装港是征收港口的，由起运港按每张运单的货物向发货人计征。
第十二条 中外合营企业、外资经营企业以及来料加工、“以出顶进”的货物，在国内水路运输过程均按国内货物计征港口建设费。
第十三条 计征港口建设费不另制单据，一律用现行货运费收单据计征。即在上述单据的“费用项目”栏内简写为“港建费”。
第十四条 港口建设费实行专户管理，专户存储。代征单位都必须在所在地中国工商银行开立“交通部港口建设费专户”。代征单位须将征收的费款在３日内存入专户，于月后７日内划缴交通部；代征单位对专户存款不能动支，只能划缴；银行对专户实行存不计息，汇不收费。
第十五条 港口建设费的代征单位，应按照本施行细则附件三规定的格式编制港口建设费征收月报表，于月后７日内向交通部报送。
