1.现有自然保护区数量和面积不能适应自然保护工作的需要。我国是人口最多的发展中国家，巨大的人口压力和快速的经济发展，导致自然资源过度开发，环境受到污染，生态遭到破坏，生物多样性迅速减少，危及经济社会的持续发展。已建立的自然保护区不能满足保护的需要。
2.自然保护区建设未能得到普遍重视，发展不平衡。长期以来，自然保护区建设一直未能很好地列入各级政府的国民经济和社会发展计划，有些地区和部门不理解自然保护的意义或仅从眼前和局部经济利益出发，不重视自然保护工作。目前，全国尚有9个省市自然保护区面积占国土面积的比例不到1%。少数地区甚至在已建自然保护区内进行高强度开发活动，使一些自然保护区名存实亡。
3.经费投入严重不足，制约了自然保护区事业的发展。自然保护区建设是经济社会持续发展的基础性工作。但长期以来自然保护区建设和管理经费主要依靠各级行政主管部门从部门经费中解决。由于经费所限，投入缺口很大。
4.缺乏一个切实可行的全国自然保护区发展规划。近年来，自然保护区建设速度加快，使1990年编制的“全国自然保护区与物种保护‘八五’计划和十年规划”已远不能适应发展的需要。国民经济的高速发展，也给自然保护区建设提出了更高的要求。为使自然保护区建设布局和类型更加科学合理，把一些急需保护的地区尽快保护起来，及早制定我国自然保护区中长期发展规划是非常必要的。
5.自然保护区管理工作落后于建设速度。由于经费、人才、法制建设、土地使用权属等因素的制约，自然保护区管理工作明显落后于建设的速度。目前，全国尚有37.9% 的自然保护区未建立管理机构，31.5% 的自然保护区未配备管理人员，现有管理人员中科技人员比例也较低。这些都不利于自然保护区管理、科研、宣传教育等工作的开展，影响了自然保护区功能和效益的发挥。
二、规划编制的指导思想与原则
（四）自然保护区发展规划编制的指导思想
以减缓和控制生态环境恶化、保护自然资源和生物多样性、最终实现自然资源的持续利用和自然生态系统良性循环为目的；根据国情和国力，近期从抢救保护角度出发，合理确定规划目标和划定保护区域；到规划期末，在全国范围内，建成布局合理、类型齐全、管理科学、执法严格的自然保护区网络，使我国的自然保护事业接近或达到国际先进水平。
（五）自然保护区规划编制的基本原则
--根据自然地带的递变规律和自然资源的分布特点，全面合理地规划自然保护区。
--全面规划和突出重点相结合。2000年前，把自然保护区建设的重点放在热带、亚热带、温带生物多样性丰富地区和人口密集地区，并根据主要保护对象的典型性和代表性，确定不同生物地理区域的国家级自然保护区。
--从抢救应该保护的生态系统和珍稀濒危物种出发，把该保护的关键地区尽可能划定为自然保护区。对因开发时间较长原生态环境消失，但其次生环境有代表性，或经人工恢复，或在保护条件下能自然恢复为有保护价值的生态系统，也应划定为自然保护区。
