（四）科研单位主办独立核算的公司、工厂，比照同类企业会计制度进行核算和管理。应依法经营，自负盈亏，照章纳税。公司、工厂在生产经营过程中聘用主办单位人员和使用主办单位的水、电、气、设备、房屋等发生的费用，应按月、季及时结算，并按规定及时计入成本。
（五）科研单位主办的公司、工厂等企业，在进行投资收益分配时，应严格划清国有资产（含资金、房屋、仪器、设备、技术与成果等）与其它资产所占份额的比例，明确产权关系。科研单位应按比例取得一定的收入，以保证国有资产的保值和增值。
五、科研单位收益的计算和“两金”的减免
（一）科研单位取得的收入，减去成本（费用）和应交税金为收益。科研单位投资取得的收益，如：联营投资收益，长、短期投资收益等，也应纳入单位收益总额，其收益按有关规定进行分配和使用。
（二）科研单位“两金”的减免
１．实行全额预算管理的社会公益型科研单位，取得的收益用于抵补事业支出的部分、年终预算包干结余、从收益中提取的科技发展基金免征能源交通重点建设基金和预算调节基金（以处简称“两金”）。用于抵补事业支出的数额，应根据财政部门或主管部门批准的科研单位年终决算中的数额来确定。
２．实行差额预算管理的技术开发类型科研单位，提取的医疗基金，修购（折旧）基金，从收益中提取的事业发展基金和补充的周转（流动）资金，免征“两金”；从收益中提取的其它基金交纳“两金”的计算办法仍按《国家科委、
财政部关于实行差额预算管理的技术开发类型科研单位交纳“两项基金”计算办法的通知》（〔１９８９〕国科发财字７２３号）和《财政部关于实行差额预算管理的技术开发类型科研单位交纳“两项基金”计算办法补充说明的通知》（〔９０〕财综字第９号）执行。
六、科研单位专用基金（资金）的建立
（一）科研单位的科技发展基金、职工福利基金、职工奖励基金，按《
国务院批转国家教委等部门关于深化改革鼓励教育科研卫生单位增加社会服务意见的通知》（国发〔１９８９〕１０号）的规定提取和使用。
（二）科研单位提取的科技发展基金中，可以设立以下两项基金：
