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负责审计国务院政法、文教等部门和直属机构、办事机构、事业单位的财政、财务收支及其资金使用效益。根据署的计划，具体组织驻部门、地方派出机构对这些部门管理的某些专项资金进行审计。
（七）工业交通审计司
负责审计国务院工业、交通部门和所属经济实体、部委归口管理财务单列经济实体的财政、财务收支及其经济效益和国有资产的保值增值。根据署的计划，具体组织驻部门、地方派出机构对工业、交通部门的直属单位进行某些行业审计、专项资金审计和专题审计调查。
（八）商贸审计司
负责审计国务院国内贸易、对外贸易经济合作等部门和所属经济实体、部委归口管理财务单列经济实体的财政、财务收支及其经济效益和国有资产的保值增值。根据署的计划、具体组织驻部门、地方的派出机构对内贸、外贸部门的直属单位进行某些行业审计、专项资金审计和专题审计调查。
（九）固定资产投资审计司
负责审计国务院各部门管理的固定资产投资、施工企业的财务收支及其经济效益。根据署的计划，具体组织驻地方派出机构对国家重点建设项目的资金来源、使用情况和经济效益进行审计。
（十）农业审计司
负责审计国务院农业、林业、水利部门的财政、财务收支及其资金使用效益。根据署的计划，具体组织驻部门、地方派出机构和地方审计机关对农业、林业、水利部门管理的某些专项资金进行审计和专题审计调查。
（十一）外资运用审计司
负责审计国务院各部门和省、自治区、直辖市和计划单列市借用的国外资金和使用的国外援助资金。根据署的计划，具体组织驻地方派出机构和地方审计机关对世界银行、亚洲开发银行等国际金融组织的贷款项目进行审计。
（十二）审计管理司
负责对地方审计工作的检查；指导内部审计工作；通过注册审计师协会指导、监督审计事务所和注册审计师的工作。
（十三）人事教育司
负责办理署机关、派出机构、事业单位的干部调配、任免、工资福利、专业技术职称考评；同地方协商省级审计机关负责人的任免事项；编制审计系统的干部教育规划，指导干部培训工作。
（十四）外事司
负责办理署机关及直属单位人员出国考察、访问的有关事项，接待外国审计机关来访团组，组织专家讲学，同外国审计机关、国际审计组织进行联系。
（十五）机关党委
负责署机关和在京直属单位的党群工作。
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