第十九条 孔目江干流两岸1000米内（以下简称“孔目江两岸”）集镇、村庄的生活垃圾应当进行无害化处理，采取“村组收集、乡镇转运、县区处理”的模式，实行统一收集、集中处置。
孔目江两岸村庄应逐步推广建设人工湿地处理技术，使村庄居民的生活污水经处理达标后外排。
第二十条 县（区）人民政府（管委会）和孔目江流域内乡镇人民政府（办事处）应当按照社会主义新农村建设的要求，指导开展孔目江流域内及周边村庄环境综合整治，有计划推进农村改水、改厕，完善村庄排污管网系统、生化污水处理设施建设。
第二十一条 孔目江流域内实行水污染物排放许可证制度。排污单位必须按国家有关规定规范排污口设置，安装污水排放计量器具，并保证计量器具的正常运行。
第二十二条 孔目江两岸不得新建有污水排放的工矿业企业，原有的工矿企业应积极防治污染，按照国家有关规定建设废水处理工程，确保外排废水达到国家排放标准。对达不到国家排放标准的单位责令限期治理，逾期未完成治理任务的，报有批准权的人民政府批准责令关闭。
第二十三条 孔目江流域内的医疗卫生机构，应当按照国家有关规定建设医疗废弃物处理工程，确保医疗废弃物处理达到国家标准。
第二十四条 孔目江两岸所有排污单位的污水处理设施必须确保正常运行，不得擅自停运或闲置，如确需停运检修，应提前3日向当地环保部门报告，经批准后方可停运。
第二十五条 孔目江两岸不得新设立动物饲养场和动物屠宰加工场所，原有的动物饲养和动物屠宰加工企业必须建设沼气处理池对其外排废水进行处理，实行污水达标排放。不能达标的，应当依法予以关闭或搬迁。
第二十六条 孔目江流域内的所有山塘、小二型以上水库养殖应当实行人放天养，严禁投放畜粪及化肥。
第二十七条 市、县（区）农业主管部门和其他有关部门以及孔目江流域内乡镇人民政府（办事处）应当采取措施，指导孔目江两岸农业生产者科学合理地施用化肥和农药，控制化肥和农药的过量使用，推广畜禽粪便和农作物秸秆的资源化利用，禁止使用高毒、高残留农药；指导孔目江两岸农业生产者调整产业结构，在本办法施行后二年内，退出棉花种植，改种其他无公害农作物。
