二、指导思想和建设目标
（一）指导思想
坚持以科学发展观为指导，深入贯彻落实“314”总体部署，按照“统筹规划、分层指导，政府推动、多方参与，突出特色、做优做强，健全制度、完善机制”的总体原则，以整合改造提升为主、新建为辅，推动区域自主创新基础能力建设，为加快建成长江上游地区科技创新高地提供支撑。
“统筹规划、分层指导”。按照建设创新型城市、完善产业创新体系和建设长江上游地区的经济中心及西部地区的重要增长极的要求，统筹规划全市自主创新基础能力支撑体系建设；结合国家自主创新物质支撑体系建设的主要内容，从研究试验体系、科技公共服务体系、产业技术开发体系、企业技术创新体系、创新创业服务体系五个层面指导全市自主创新基础能力建设。
“政府推动、多方参与”。面向市场技术需求，政府要健全协调服务机制，充分利用财政、税收、政府采购、制度供给等措施，积极推动自主创新基础能力建设；高等院校、科研机构、企业等各类主体要广泛采用产学研紧密结合方式积极主动参与自主创新基础能力建设。
“突出特色、做优做强”。面向创新优势及产业发展科技需求，着眼于大幅度提升优势领域的原始创新能力、集成创新能力和引进消化吸收再创新能力，改造提升一批发展前景广阔的自主创新基础能力，整合一批具有单项创新优势的自主创新基础能力，针对产业创新链条的薄弱或漏缺环节新建一批自主创新基础能力，形成一批在国际国内具有较强影响力的自主创新基础能力。
“健全制度、完善机制”。突出自主创新基础能力建设的开放性、共享性，坚持共建、共享、共用原则，加强自主创新基础能力建设及运营的制度建设，引导以市场主导型运作模式完善自主创新基础能力的运营机制。
（二）建设目标
到2012年，集成创新能力、引进消化吸收再创新能力、原始创新能力持续增强，企业技术创新主体地位初步确立，在汽车摩托车、装备制造、资源加工、信息产业、生物产业、环境保护等领域形成一批重大自主创新基础平台，重点产业创新链完善，基本建成“布局合理、装备先进、开放高效”的自主创新支撑体系，将重庆建成长江上游地区的科技创新高地。规划建设5个重大科技基础设施，组建和改造提升50个重点实验室，创建6―8个国家重点实验室，市级以上重点实验室累计达到120个；实施研究开发平台建设工程；建设和完善30个工程实验室、20个工程（技术研究）中心，创建1―2个国家工程实验室、5―7个国家工程（技术研究）中心，市级以上工程实验室、工程（技术研究）中心分别累计达到30个、60个；支持新建55个认定企业技术中心，创建3个国家认定企业技术中心，市级以上认定企业技术中心累计达到150个；完善科研保障体系和技术创新服务体系，形成良好的自主创新能力建设的政策环境。
三、构建自主创新基础能力体系的主要任务
围绕提升自主创新能力，保障重大科技专项、支撑大产业发展等战略性任务的顺利实施，以科技平台建设为重点，从五个层面整合资源，完善重点产业领域的技术及新产品创新链条，构建创新体系的主体架构。
（一）研究试验体系建设
着眼发展区域具有领先优势或比较优势的科学领域，以及我市重点引导发展的高技术领域，新建和改造一批具有一流水平、支撑多学科研究的重大科技基础设施。进一步优化资源配置，在信息、生物、新材料等重点领域，组建一批实验室。在学科交叉广泛和日趋活跃的研究领域，建设和完善一批市级以上重点实验室。支持区县（自治县）结合科技和产业优势，建设和完善特色研究实验平台。促进实验管理体制和运行机制创新，形成一批具有较高知名度和影响力的研究实验机构。
