第二阶段为市、县（市、区）卫生行政部门检查阶段，时间为2009年2月21日-3月5日。各市、县（市、区）卫生行政部门组织对所属医疗机构进行医疗安全检查，并以市为单位形成医疗安全专项检查活动总结报告，于2009年3月5日前上报我厅医政处。
第三阶段为我厅检查阶段。时间为2009年3月6日-3月20日。我厅组织对各市开展医疗安全百日专项检查活动的情况进行督查，对各三级医院开展医疗安全百日专项检查活动、落实医疗安全措施、加强医疗安全管理情况进行检查。
第四阶段为迎接卫生部抽查阶段。时间为2009年3月21日-4月20日。卫生部将组织对各省（区、市）医疗安全百日专项检查活动进行抽查，各级卫生行政部门、医疗机构，尤其是各公立医疗机构，要认真做好迎接卫生部抽查准备。
各级卫生行政部门和医疗机构，特别是各级各类公立医疗机构，要按照卫生部《通知》要求，结合本地区、本单位实际，制定医疗安全百日专项检查活动实施方案和活动计划，明确序时进度，有计划、有步骤地扎实开展专项检查活动。
四、狠抓重点环节。卫生部《通知》对医疗安全百日专项检查活动提出了总体要求，明确了要检查的重点科室、重点环节和重点内容。各医疗机构要对急诊科、重症监护病房、新生儿病房、血液净化室、手术科室和麻醉科、药剂科、手术室与中心供应室、病理科等重点科室的医疗安全管理制度、诊疗规范的落实情况、诊疗流程的环节质量控制情况等进行认真梳理，及时完善医疗安全管理的各项制度，建立健全质控组织，加强环节质量控制，确保诊疗规范和医疗安全措施落实到位。要高度重视护理管理，认真贯彻落实国务院《
护士条例》，健全护理管理组织、落实护理人员安全配置标准、加强护理质量考核、开展人性化护理服务、规范危重症护理管理、强化护理不良事件报告，不断提高护理质量和水平。要切实加强医院感染管理，按照《
医院感染管理办法》的要求，实行医院感染管理目标责任制，落实医院感染管理各项规范和措施，真正做到既保护患者安全，又保护广大医务人员的安全。
五、强化督查考核。各级卫生行政部门要按卫生部《通知》中活动方案的内容和要求，制定切实可行的考核细则，积极开展督查、考核，及时发现医疗机构存在的医疗安全问题和薄弱环节，督促医疗机构及时进行整改，使医疗安全的各项措施落到实处。要将医疗安全百日专项检查活动的督查、考核作为医院复核评价的一项内容，将考核成绩记入医疗机构周期性评审的总成绩，不断加大医疗安全的监管力度。
