二、在进一步加快转制科研院所改革和发展的过程中，要坚持“聚焦功能、分类指导、自主选择、循序渐进”的基本原则。在继续保持转制科研院所改革市场化和运行企业化的前提下，聚焦转制科研院所已承担的经济社会发展和维护国家安全所需、但通过市场无法得到相应经济回报的研发功能和服务功能，针对转制科研院所的局部或者整体，对其承担的相应功能给予支持。各转制科研院所可根据自身发展的实际状况，自主选择实施方案，积极稳妥地推进转制科研院所的改革和发展进程。
三、各转制科研院所可依托已有的、具有较强公益性和战略性的共性技术研究基础，建设相关研发基地，并在此基础上，申请筹建“上海市重点实验室”或“上海工程技术研究中心”。市科委根据《上海市重点实验室建设与管理办法》或《上海工程技术研究中心建设与管理办法》，对研发基地进行界定和评估，将符合条件的研发基地纳入支持序列。市科委按照有关规定，定期对相关研发基地进行考核评估，并根据评估结果给予相应的资助。
四、对具有突出共性技术研发能力和显著行业技术服务能力的转制科研院所，可申请开展整体改革试点，在将其研究开发及专业技术服务功能与产品生产功能进行分离后，以其研发服务功能为基础，整建制地转为“新型科研院所”。
新型科研院所以推进产业科技进步为宗旨，承担产业基础技术、共性技术和前瞻技术的研究开发及专业技术服务等公共职能及准公共职能（以下统称“公共职能”）。
转制科研院所原有的产品生产等其他非公共职能，可逐步从新型科研院所剥离成为独立运行的衍生企业。新型科研院所可以控股、参股等方式，设立衍生企业。
五、新型科研院所继续保留原有的企业法人资格，必须遵守法律法规的规定和出资者的约定，制定章程，明确机构宗旨、经营范围、组织机构、内部管理制度。企业的税后利润应全部用于其承担的公共职能以及与其公共职能相关的能力建设。
六、对新型科研院所在产业技术研究开发和服务中承担的公共职能，由市科委每年会同相关部门进行绩效评价，根据绩效评价的结果，通过政府购买服务的方式，对新型科研院所实际承担的公共职能给予相应的支持。
七、新型科研院所可通过投资衍生企业、技术许可、技术开发、技术转让、技术咨询、技术服务等多种形式，获得投资收益和技术性收入，收益和收入应全部用于其承担的公共职能以及与其公共职能相关的能力建设。
