第二十九条 实行总、分机构体制的跨省经营纳税人应严格执行《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法》（国税发〔2008〕28号）规定，按照“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的办法计算缴纳企业所得税。
对省内跨市总分机构，按总机构统一计算的企业所得税款进行分配，总机构缴纳50%，各分支机构缴纳50%，分支机构具体分摊比例按总局《办法》规定确定，财政不再设立专户。
居民企业在同一设区市内跨县（市、区）设立不具有法人资格营业机构、场所的，其企业所得税征收管理办法，由各设区市地方税务局自行制定。
第三十条 既跨省又省内跨市经营的总分支机构，按国税发〔2008〕28号文件的规定执行，不执行省内跨市经营企业所得税征收管理的相关规定；既省内跨市又市内跨县（市、区）经营的总分支机构，按省局跨地区经营企业所得税征收管理的规定执行，不执行市内跨县（市、区）经营企业所得税征收管理的相关规定。
第三十一条 二级分支机构是指总机构对其财务、业务、人员等直接进行统一核算和管理的领取非法人营业执照的分支机构。
总机构应及时将其所属二级分支机构名单报送总机构所在地主管税务机关，并向其所属二级分支机构及时出具有效证明（支持证明的材料包括总机构拨款证明、总分机构协议或合同、公司章程、管理制度等）。
二级分支机构在办理税务登记时，应向其所在地主管税务机关报送非法人营业执照（复印件）和由总机构出具的二级分支机构的有效证明。其所在地主管税务机关应对二级分支机构进行审核鉴定，督促其及时预缴企业所得税。
以总机构名义进行生产经营的非法人分支机构，无法提供有效证据证明其二级及二级以下分支机构身份的，应视同独立纳税人计算并就地缴纳企业所得税，不执行国税发〔2008〕28号文件的相关规定。
第三十二条 纳税人设立的跨地区经营的项目部（包括与项目部性质相同的工程指挥部、合同段等，下同），其企业所得税按下列规定进行征收管理。
（一）跨省、省内跨市经营的项目部的税收管理
1．纳税人总机构直接管理的跨地区设立的项目部，应按项目实际经营收入的0.2%按月或按季由总机构向项目所在地预分企业所得税，并由项目部向所在地主管税务机关预缴。
2．纳税人所属二级或二级以下分支机构直接管理的项目部不就地预缴企业所得税，其经营收入、职工工资和资产总额应汇总到二级分支机构统一核算，由二级分支机构按照国税发〔2008〕28号文件规定的办法预缴企业所得税。
（二）设区市内跨县（市、区）经营的项目部的税收管理，由各设区市地方税务局自行确定。
第三十三条 纳税人总机构应汇总计算企业应纳所得税，按照以下方法进行预缴：
（一）总机构只设跨地区项目部的，扣除已由项目部预缴的企业所得税后，按照其余额就地缴纳；
（二）总机构只设二级分支机构的，按照国税发〔2008〕28号文件规定计算总、分支机构应缴纳的税款；
