三、内设机构
根据上述职责，自治区水利厅设11个内设机构。
（一）办公室。
协助厅领导对全厅工作进行综合协调，组织机关日常工作，负责文秘、机要、档案、机关内部规章制度建设等；承担宣传、保密、信访、政务公开、绩效考核、新闻发布、机关后勤服务指导等工作。
（二）规划计划处。
指导全区水利规划工作，拟定水长期供求计划，拟订水利战略规划，组织编制重大水利综合规划、专业规划和专项规划；审核重大水利建设项目建议书、可行性研究报告；指导水工程建设项目合规性审查工作；负责提出中央和自治区本级财政性资金安排意见，提出中央和自治区本级水利建设投资安排建议；负责水利综合统计工作。
（三）财务处。
负责编制自治区本级水利部门预、决算并负责预算的执行；承担中央和自治区本级水利建设资金的监督管理工作；承担厅机关和厅属单位国有资产、政府采购和非税收入管理工作；负责厅机关财务管理，指导全区水利行业和厅直属单位财务管理工作；研究提出预算管理、资金管理、政府采购管理、国有资产管理、价格管理、非税收入管理等制度、办法。
（四）人事处。
负责机关和直属单位的人事管理、机构编制、劳动工资、教育培训、职称改革、出国（境）管理工作，指导厅属院校工作，指导全区水利系统干部培训工作。
（五）水资源处（自治区节约用水办公室）。
组织实施水资源论证、取水许可、水资源有偿使用等制度；组织水资源调查、评价和监测工作；拟订水量分配方案和水功能区划并监督实施，负责水资源调度工作；组织编制水资源专项规划；指导饮用水水源保护、城市供水水源规划及非传统水资源开发的工作；指导入河排污口设置工作；指导计划用水和节约用水工作。
（六）政策法规处。
提出全区水利政策研究和立法项目建议；负责规范性文件的审查、解释、备案和清理工作；参与与水有关的法律、法规研究起草和协调工作；承办水利行政诉讼、行政复议、普法教育和水行政规费征收工作；实施指导水政监察和水行政执法工作；组织、协调跨设区的市、部门之间水事纠纷的调处工作。
（七）科学技术处（行政审批处）。
草拟水利科学技术发展规划；负责重要水利科学研究、水利科技成果鉴定、管理及科技推广工作；监督实施水利行业技术标准和规程规范；负责水利工程突发事件技术处理。牵头负责行政审批工作。
